GenomicsDBData/build.xml at main · NIAGADS/GenomicsDBData · GitHub

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
<project name="GenomicsDBData" default="Installation" basedir=".">

  <!-- oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo -->
  <!-- oooooooooooooooooooooooooo  Dependencies  oooooooooooooooooooooooooo -->
  <!-- oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo -->

  <target name="GUS-Installation">
    <ant antfile="../GUS/build.xml" target="GUS-Installation">
      <property name="project" value="GUS"/>
      <property name="version" value="2.1.2"/>
    </ant>
  </target>

  <target name="GUS-Checkout" unless="GUS.present">
    <ant target="defaultProjectCheckout" inheritAll="false">
      <property name="svnurl" value="https://www.cbil.upenn.edu/svn/gus/GusAppFramework" />
      <property name="project" value="GUS"/>
      <property name="version" value="internal/plasmodb_5-0beta-0"/>
    </ant>
  </target>

  <!-- oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo -->
  <!-- oooooooooooooooooooooooooo    Checkout    oooooooooooooooooooooooooo -->
  <!-- oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo -->

  <target name="GenomicsDBData-ChildCheckout">
    <available file="../GUS" type="dir" property="GUS.present" />
    <antcall target="GUS-Checkout" />
  </target>


  <!-- oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo -->
  <!-- oooooooooooooooooooooooooo    Update    oooooooooooooooooooooooooo -->
  <!-- oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo -->

  <target name="GenomicsDBData-ChildUpdate" >
    <ant target="defaultProjectUpdate">
      <property name="project" value="GUS"/>
    </ant>
  </target>

  <!-- oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo -->
  <!-- oooooooooooooooooooooooooo  Installation  oooooooooooooooooooooooooo -->
  <!-- oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo -->

  <target name="GenomicsDBData-Installation" depends="GUS-Installation,
                                            GenomicsDBData/Load-Installation,
                                            GenomicsDBData/Util-Installation,
                                            GenomicsDBData/Documentation-Installation,
					                        GenomicsDBData/BinIndex-Installation,
                                            GenomicsDBData/Pipeline-Installation,
                                            GenomicsDBData/GWAS-Installation,
					                        GenomicsDBData/Ontology-Installation">

    <ant target="defaultProjectInstall"/>
  </target>


  <!-- oooooooooooooooooo  Installation Postprocess  ooooooooooooooooooooo -->

  <target name="GenomicsDBData-Installation-postprocess">
    <echo message="Postprocessing the GenomicsDBData installation"/>

    <replace dir="${targetDir}/bin"
             propertyFile="${targetDir}/config/replacements.prop" >
      <include name="**/*" />
      <replacefilter token="@perl@" property="perl"/>
    </replace>

  </target>


  <!-- ooooooooooooooooooooooo  Install Components  ooooooooooooooooooooooo -->

  <target name="GenomicsDBData/Load-Installation" depends="ProjectTree">
    <ant target="defaultComponentInstall">
      <property name="project" value="GenomicsDBData"/>
      <property name="component" value="Load"/>
    </ant>
  </target>

 <target name="GenomicsDBData/Documentation-Installation" depends="ProjectTree">
    <ant target="defaultComponentInstall">
      <property name="project" value="GenomicsDBData"/>
      <property name="component" value="Documentation"/>
    </ant>
  </target>

<target name="GenomicsDBData/GWAS-Installation" depends="ProjectTree">
    <ant target="defaultComponentInstall">
      <property name="project" value="GenomicsDBData"/>
      <property name="component" value="GWAS"/>
    </ant>
  </target>

  <target name="GenomicsDBData/BinIndex-Installation" depends="ProjectTree">
    <ant target="defaultComponentInstall">
      <property name="project" value="GenomicsDBData"/>
      <property name="component" value="BinIndex"/>
    </ant>
  </target>

   <target name="GenomicsDBData/Manhattan-Installation" depends="ProjectTree">
    <ant target="defaultComponentInstall">
      <property name="project" value="GenomicsDBData"/>
      <property name="component" value="Manhattan"/>
    </ant>
  </target>


   <target name="GenomicsDBData/Export-Installation" depends="ProjectTree">
    <ant target="defaultComponentInstall">
      <property name="project" value="GenomicsDBData"/>
      <property name="component" value="Export"/>
    </ant>
  </target>

  <target name="GenomicsDBData/Pipeline-Installation" depends="ProjectTree">
    <ant target="defaultComponentInstall">
      <property name="project" value="GenomicsDBData"/>
      <property name="component" value="Pipeline"/>
    </ant>
  </target>

 <target name="GenomicsDBData/Util-Installation" depends="ProjectTree">
    <ant target="defaultComponentInstall">
      <property name="project" value="GenomicsDBData"/>
      <property name="component" value="Util"/>
    </ant>
  </target>

 <target name="GenomicsDBData/Ontology-Installation" depends="ProjectTree">
    <ant target="defaultComponentInstall">
      <property name="project" value="GenomicsDBData"/>
      <property name="component" value="Ontology"/>
    </ant>
  </target>

  <!-- oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo -->
  <!-- oooooooooooooooooooooooooo  Distributable  ooooooooooooooooooooooooo -->
  <!-- oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo -->

  <target name="GenomicsDBData-Distributable" depends="ProjectTree">

    <copy todir="${targetDir}">
      <fileset dir="${projectsDir}" >
        <exclude name="**/CVS/*" />
      </fileset>
    </copy>
  </target>


  <!-- oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo -->
  <!-- oooooooooooooooooooooooooo  ProjectTree  ooooooooooooooooooooooooooo -->
  <!-- oooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooooo -->

  <target name="ProjectTree" if="${checkout}">
    <ant target="projectCheckOut"/>
  </target>

</project>