AttributeError: 'DicomDir' object has no attribute 'DirectoryRecordSequence'

[ryo-39]

ATRの林です。お世話になっております。
SiemensのT1dicomの画像ファイルを処理しようとして、
AttributeError: 'DicomDir' object has no attribute 'DirectoryRecordSequence'
というエラーになるデータがあります。
エラーにならないものもあります（ATRのPrismaの撮像データでは処理が出来まして、昔に撮像したTrioで出ました）。
エラーが起こるサンプルのデータは以下にアップしております(適当なタイミングで消させていただきますね)。
https://drive.google.com/file/d/1p7sm2R7JktRkKBFJX_p4Ke754BDwOJ3y

Traceback (most recent call last):
File "/home/foo/BCILDCMCONVERT/miniconda/miniconda/bin/bcil_dcm_convert.py", line 373, in
bc.main()
File "/home/foo/BCILDCMCONVERT/miniconda/miniconda/bin/bcil_dcm_convert.py", line 137, in main
h = self.read_dicom_headers(file_list)
File "/home/foo/BCILDCMCONVERT/miniconda/miniconda/bin/bcil_dcm_convert.py", line 185, in read_dicom_headers
ds = pydicom.read_file(file)
File "/home/foo/BCILDCMCONVERT/miniconda/miniconda/lib/python3.8/site-packages/pydicom/filereader.py", line 887, in dcmread
dataset = read_partial(fp, stop_when, defer_size=defer_size,
File "/home/foo/BCILDCMCONVERT/miniconda/miniconda/lib/python3.8/site-packages/pydicom/filereader.py", line 766, in read_partial
new_dataset = dataset_class(fileobj, dataset, preamble, file_meta_dataset,
File "/home/foo/BCILDCMCONVERT/miniconda/miniconda/lib/python3.8/site-packages/pydicom/dicomdir.py", line 91, in init
self.parse_records()
File "/home/foo/BCILDCMCONVERT/miniconda/miniconda/lib/python3.8/site-packages/pydicom/dicomdir.py", line 117, in parse_records
records = self.DirectoryRecordSequence
File "/home/foo/BCILDCMCONVERT/miniconda/miniconda/lib/python3.8/site-packages/pydicom/dataset.py", line 835, in getattr
return object.getattribute(self, name)
AttributeError: 'DicomDir' object has no attribute 'DirectoryRecordSequence'

これは、調べたところによりますと、pydicomの出力するエラーのようです(#9)。
pydicom/pydicom#9

pydicomのリリースノートを見たところ、
この問題点#9は、pydicom v2.1.0にて解消されたようで、
https://pydicom.github.io/pydicom/dev/release_notes/index.html

• Implemented full support (loading, accessing, modifying, writing) of DICOM File-sets and their DICOMDIR files via the FileSet class (引数について相対パスでの指定を可能にする。 #9, #243, #1093)
  pydicomのバージョンを最新の2.2.0にバージョンアップして試したのですが、同じエラーが発生します。
  もしかすると、BCILDCMCONVERTの問題ではないのかもしれませんが、
  ご報告させていただきました。もしお時間がありましたらご覧いただけますと幸いです。

[takuya-hayashi]

良輔さん いつもありがとうございます！こちらでも再現しているようです。こちらのpydicomが2.0のままなので2.1にアップして再現するかどうか確認します（こちらのシステム上2.2までは上げられないようです）。 いまのところbcildcmconvert側の問題ではなさそうなのですが、もう少し調査進め、何等かの回避策をとれないかも含め考えてみます。ありがとうございました。また連携します。 林 2021年1月15日(金) 14:25 ryo-39 <notifications@github.com>:

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ATRの林です。お世話になっております。 SiemensのT1dicomの画像ファイルを処理しようとして、 AttributeError: 'DicomDir' object has no attribute 'DirectoryRecordSequence' というエラーになるデータがあります。 エラーにならないものもあります（ATRのPrismaの撮像データでは処理が出来まして、昔に撮像したTrioで出ました）。 エラーが起こるサンプルのデータは以下にアップしております(適当なタイミングで消させていただきますね)。 https://drive.google.com/file/d/1p7sm2R7JktRkKBFJX_p4Ke754BDwOJ3y Traceback (most recent call last): File "/home/foo/BCILDCMCONVERT/miniconda/miniconda/bin/bcil_dcm_convert.py", line 373, in bc.main() File "/home/foo/BCILDCMCONVERT/miniconda/miniconda/bin/bcil_dcm_convert.py", line 137, in main h = self.read_dicom_headers(file_list) File "/home/foo/BCILDCMCONVERT/miniconda/miniconda/bin/bcil_dcm_convert.py", line 185, in read_dicom_headers ds = pydicom.read_file(file) File "/home/foo/BCILDCMCONVERT/miniconda/miniconda/lib/python3.8/site-packages/pydicom/filereader.py", line 887, in dcmread dataset = read_partial(fp, stop_when, defer_size=defer_size, File "/home/foo/BCILDCMCONVERT/miniconda/miniconda/lib/python3.8/site-packages/pydicom/filereader.py", line 766, in read_partial new_dataset = dataset_class(fileobj, dataset, preamble, file_meta_dataset, File "/home/foo/BCILDCMCONVERT/miniconda/miniconda/lib/python3.8/site-packages/pydicom/dicomdir.py", line 91, in *init* self.parse_records() File "/home/foo/BCILDCMCONVERT/miniconda/miniconda/lib/python3.8/site-packages/pydicom/dicomdir.py", line 117, in parse_records records = self.DirectoryRecordSequence File "/home/foo/BCILDCMCONVERT/miniconda/miniconda/lib/python3.8/site-packages/pydicom/dataset.py", line 835, in *getattr* return object.*getattribute*(self, name) AttributeError: 'DicomDir' object has no attribute 'DirectoryRecordSequence' これは、調べたところによりますと、pydicomの出力するエラーのようです(#9 <#9>)。 pydicom/pydicom#9 <pydicom/pydicom#9> pydicomのリリースノートを見たところ、 この問題点#9は、pydicom v2.1.0にて解消されたようで、 https://pydicom.github.io/pydicom/dev/release_notes/index.html - Implemented full support (loading, accessing, modifying, writing) of DICOM File-sets and their DICOMDIR files via the FileSet class (#9 <#9>, #243, #1093) pydicomのバージョンを最新の2.2.0にバージョンアップして試したのですが、同じエラーが発生します。 もしかすると、BCILDCMCONVERTの問題ではないのかもしれませんが、 ご報告させていただきました。もしお時間がありましたらご覧いただけますと幸いです。 — You are receiving this because you are subscribed to this thread. Reply to this email directly, view it on GitHub <#14>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/AD57Y5V2M3HTDQ2H25STMADSZ7GUPANCNFSM4WDQ7BMA> .