diff --git a/CLAUDE.md b/CLAUDE.md
index 982a9cc..8665d80 100644
--- a/CLAUDE.md
+++ b/CLAUDE.md
@@ -38,19 +38,23 @@
 ## 共通コマンド
 
 ### ルートレベル
-- `npm run format` - Biomeでコードをフォーマット
-- `npm run lint` - Biomeでリント・自動修正
-- `npm run check` - Biomeの完全チェックを実行
+- `pnpm run format` - Biomeでコードをフォーマット
+- `pnpm run lint` - Biomeでリント・自動修正
+- `pnpm run check` - Biomeの完全チェックを実行
+- `pnpm install` - 全ての依存関係をインストール
 - `make setup-env` - direnv用に.envを.envrcに変換
 - `make clean` - 一時ファイルを削除
+- `make install` - 全ての依存関係をインストール
+- `make format` - 全てのコードをフォーマット
+- `make lint` - 全てのコードをリント
 
 ### Next.jsプロジェクト (pomodoro-timer-*)
-- `npm run dev` - 開発サーバーを起動（ポート3000）
-- `npm run build` - 本番用ビルド
-- `npm run lint` - ESLintチェック
+- `pnpm run dev` - 開発サーバーを起動（ポート3000）
+- `pnpm run build` - 本番用ビルド
+- `pnpm run lint` - ESLintチェック
 
 ### MCP/Mastraプロジェクト
-- 各package.jsonで定義されたstart/devコマンドを使用
+- 各package.jsonで定義されたstart/devコマンドを使用（pnpm経由で実行）
 
 ## コードスタイルガイドライン
 
diff --git a/Makefile b/Makefile
index 7577d50..85c280b 100644
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -1,10 +1,13 @@
-.PHONY: help setup-env clean format
+.PHONY: help setup-env clean format install dev build lint
 
 # デフォルトターゲット
 help:
 	@echo "使用可能なコマンド:"
 	@echo "  make setup-env   - .envから環境変数を.envrcに設定します"
 	@echo "  make clean       - 一時ファイルを削除します"
+	@echo "  make install     - 全ての依存関係をインストールします"
+	@echo "  make format      - 全てのコードをフォーマットします"
+	@echo "  make lint        - 全てのコードをリントします"
 # .envから.envrcを作成するセットアップコマンド
 setup-env:
 	@echo "環境変数のセットアップを開始します..."
@@ -27,6 +30,24 @@ setup-env:
 	@echo ".envrcの作成が完了しました。"
 	@echo "direnvが有効になっている場合は 'direnv allow' を実行してください。"
 
+# 依存関係のインストール
+install:
+	@echo "全ての依存関係をインストールしています..."
+	pnpm install
+	@echo "インストールが完了しました。"
+
+# フォーマット
+format:
+	@echo "全てのコードをフォーマットしています..."
+	pnpm run format
+	@echo "フォーマットが完了しました。"
+
+# リント
+lint:
+	@echo "全てのコードをリントしています..."
+	pnpm run lint
+	@echo "リントが完了しました。"
+
 # クリーンアップ
 clean:
 	@echo "一時ファイルを削除しています..."
diff --git a/pnpm-workspace.yaml b/pnpm-workspace.yaml
new file mode 100644
index 0000000..1c35d69
--- /dev/null
+++ b/pnpm-workspace.yaml
@@ -0,0 +1,6 @@
+packages:
+  - "pomodoro-timer-by-copilot-claude4"
+  - "pomodoro-timer-by-jules"
+  - "my-fastmcp-app"
+  - "my-mastra-app"
+  - "claude-code-test"
\ No newline at end of file