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Gsub sous Docker

Environnement reproductible pour ce projet de ~2022 (Python 3.9, pyhmmer/gooey de l'époque), sans rien installer sur ta machine.

Démarrage rapide (depuis zéro, ex. Ubuntu 24.04)

sudo apt install -y docker.io git git-lfs && sudo usermod -aG docker $USER
# (reconnexion de session pour que le groupe docker prenne effet)
git clone https://github.com/ffillouxdev/Gsub.git && cd Gsub
git lfs install && git lfs pull
docker build -t gsub:2.0.0 . && ./start_gsub.sh

⚠️ git lfs pull est indispensable : il résout Gsub/tools/table2asn.linux (~190 Mo). Sans lui, ce fichier reste un pointeur de 134 octets et l'appli plante à la génération des fichiers. Vérifie avec : ls -lh Gsub/tools/table2asn.linux (doit faire ~190M).

Interface graphique : sur un écran local ça marche directement ; via SSH, connecte-toi avec ssh -Y.

Construction de l'image

docker build -t gsub:2.0.0 .
# ou (si docker compose est installé) :  docker compose build

Le build :

  • part d'une image python:3.9-slim-bullseye ;
  • installe wxPython (interface Gooey) via les wheels précompilées de l'époque ;
  • fige les dépendances Python dans docker/requirements.lock.txt ;
  • utilise le binaire table2asn d'origine du projet (résolu par git lfs pull), et non une version récente : le code attend son comportement exact.

Mode ligne de commande (recommandé, sans interface)

Gooey sait tourner sans fenêtre via --ignore-gooey. Un dossier ./data est monté dans le conteneur sur /data.

mkdir -p data && cp exemple/* data/     # jeu d'exemple fourni dans le repo

docker compose run --rm gsub cli \
  /data/sequence.fasta \
  /data/template.sbt \
  /data/source.tsv \
  /data/output \
  1500 \
  300 \
  --Genome Eukaryote --score 50 --evalue 0.001

Ordre des arguments positionnels : Fasta Template Source Output Min_Length_Contig Min_Length_ORF. Les résultats (dossiers GBF/, SQN/, rapports d'erreurs) apparaissent dans data/output/ sur l'hôte.

Mode interface graphique (X11, Linux)

xhost +local:docker          # autorise le conteneur à afficher sur ton écran
docker compose up gsub
xhost -local:docker          # à révoquer après usage

Sous Wayland, il faut Xwayland actif (généralement présent). Sous macOS/Windows, il faut un serveur X (XQuartz / VcXsrv) et adapter la variable DISPLAY.

Shell de debug

docker compose run --rm gsub bash

Ajuster les versions

Toutes les versions Python sont dans docker/requirements.lock.txt. Si une version pose problème au build, c'est le premier endroit à modifier.