@@ -2061,70 +2061,16 @@ char Alignment::convertStateBack(char state) {
20612061 } else {
20622062 return ' -' ;
20632063 }
2064+ case SEQ_GENOTYPE:
2065+ // genotype state
2066+ if (state < strlen (symbols_genotype)) {
2067+ return symbols_genotype[(int )state];
2068+ } else {
2069+ return ' -' ;
2070+ }
20642071 default :
20652072 return STATE_INVALID;
20662073 }
2067- case SEQ_DNA: // DNA
2068- switch (state) {
2069- case 0 :
2070- return ' A' ;
2071- case 1 :
2072- return ' C' ;
2073- case 2 :
2074- return ' G' ;
2075- case 3 :
2076- return ' T' ;
2077- case 1 +4 +3 :
2078- return ' R' ; // A or G, Purine
2079- case 2 +8 +3 :
2080- return ' Y' ; // C or T, Pyrimidine
2081- case 1 +8 +3 :
2082- return ' W' ; // A or T, Weak
2083- case 2 +4 +3 :
2084- return ' S' ; // G or C, Strong
2085- case 1 +2 +3 :
2086- return ' M' ; // A or C, Amino
2087- case 4 +8 +3 :
2088- return ' K' ; // G or T, Keto
2089- case 2 +4 +8 +3 :
2090- return ' B' ; // C or G or T
2091- case 1 +2 +8 +3 :
2092- return ' H' ; // A or C or T
2093- case 1 +4 +8 +3 :
2094- return ' D' ; // A or G or T
2095- case 1 +2 +4 +3 :
2096- return ' V' ; // A or G or C
2097- default :
2098- return ' ?' ; // unrecognize character
2099- }
2100- return state;
2101- case SEQ_PROTEIN: // Protein
2102- if (state < 20 )
2103- return symbols_protein[(int )state];
2104- else if (state == 20 ) return ' B' ;
2105- else if (state == 21 ) return ' Z' ;
2106- else if (state == 22 ) return ' J' ;
2107- // else if (state == 4+8+19) return 'B';
2108- // else if (state == 32+64+19) return 'Z';
2109- else
2110- return ' -' ;
2111- case SEQ_MORPH:
2112- // morphological state
2113- if (state < strlen (symbols_morph))
2114- return symbols_morph[(int )state];
2115- else
2116- return ' -' ;
2117- case SEQ_GENOTYPE:
2118- // genotype state
2119- if (state < strlen (symbols_genotype))
2120- return symbols_genotype[(int )state];
2121- else
2122- return ' -' ;
2123-
2124- default :
2125- // unknown
2126- return ' *' ;
2127- }
21282074}
21292075
21302076string Alignment::convertStateBackStr (StateType state) {
0 commit comments