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SciForge 任务板

更新时间：2026-07-09

当前状态

本阶段进入 Workspace 预览 / 编辑能力的渐进式架构迁移。目标是把 PDF、DOCX、Markdown、HTML、图片、文本、Office 子集和生命科学数据统一收敛到可扩展的新插件系统，让人类和 agent 能共同观察、交互、选择、注释和编辑数据。科学模态先聚焦生命科学领域。

不可变原则

  • 旧逻辑代码和最终目标冲突时，删除旧逻辑，直接实现新版本，不做兼容，保持代码干净。
  • 所有修改必须通用，不能为特色例子写硬编码补丁。
  • 相同功能的工作链路需要统一，不要额外生出旁路；删除冗余，代码尽可能精简。
  • LLM API 只能走 Model Router。
  • 所有 text / vision / scientific / image / speech / workflow / schedule 模型调用严格 Model Router-only；Codex / Claude / local runtime 只能作为执行 runtime，不持有上游模型旁路。
  • GUI 只是方便用户交互的壳子；新增 GUI 前必须先问：这一步是否真的需要人类交互？
  • GUI 面板只允许承载检查、审批、标注、比较、选择等人类判断；纯执行能力下沉到 agent runtime / worker / workflow。
  • localhost:5173 Web 预览是一等支持面，必须有稳定 bridge、能力差异提示和白屏恢复路径。

收口规则

  • 新增格式能力必须先进入统一 Workspace preview plugin contract，不再继续扩张单体预览面板。
  • 已注册预览格式必须通过 WorkspacePreviewHost + renderer contribution registry 进入统一 shell；不再为旧格式扩张单体 route / visible-context 旁路。
  • 旧 IPC / 单体面板只允许作为未注册 fallback 或待删除实现细节存在；若和最终插件链路冲突，直接删除旧逻辑并实现新版本。
  • 科学模态当前阶段只排生命科学相关能力；地理、工程仿真、通用 3D 等非生命科学模态延后。
  • 需要人工决策的点只记录，不实现。
  • 性能相关改动先量化再实现；新增 guard / 边界检查必须说明 runtime cost。

已决策约束

  • Office 先采用轻量结构化预览 / 编辑，不实现完整 Office 编辑内核；.pptx / .xlsx / .docx 的完整 Office 后端作为后续可选增强。
  • 拖拽和复制粘贴按环境能力降级：Electron 桌面优先真实文件操作，Web 预览降级为下载、复制路径或复制内容。
  • agent 对预览插件拥有最高权限：可观察、选择、生成 edit operation、应用修改并保存；仍需保留 audit trail、undo / diff summary 和可追踪操作记录。
  • 科学模态先聚焦生命科学：分子结构、序列 / 基因组、组学矩阵、生物影像、质谱 / 蛋白组等优先；非生命科学模态不进入本阶段任务清单。

迁移基线回归清单

  • previewWorkspaceFile() 事件路径、右侧面板打开、workspaceRoot fallback 和最小面板宽度不能回退。
  • 文本预览保持安全 workspace 读取、二进制拒绝、1.5 MB 截断、line / column 定位、非截断文件编辑、dirty / saved / error 状态、Mod-s 保存和 writeWorkspaceFile。
  • Markdown 保持 source / split / preview 模式、默认 preview、draft live preview、GFM / math / KaTeX / hardened links、相对 workspace 图片经 workspacePreview.invokeAction(markdown.readImage) 加载、图片粘贴、缩放和 source 保存。
  • HTML 保持 source / preview 模式、默认 preview、tokenized 本地服务、相对资源、路径 containment、mtime cache bust、sandbox iframe、外部打开和保存后刷新。
  • PDF 保持 generic readWorkspaceFile 加载、64 MB cap、base64 payload、WritePdfViewer、搜索 / 翻页 / 缩放 / 选择、annotation overlay、selection actions 和 annotation panel。
  • DOCX 保持 generic readWorkspaceFile、word/document.xml 段落 / 样式提取、搜索、选择、annotation overlay、段落级编辑 / revert / save，并通过 workspacePreview.applyEdit(document.updateParagraph) 写回。
  • 图片保持 extension routing、session-scoped asset transport、12 MB cap、MIME allowlist、data URL、居中 object-contain 和缩放。
  • PDF / DOCX annotation sidecar 保持 .sciforge/pdf-annotations、debounced save、target + mtime reload、thread select / hover / jump、resolve / reopen / delete / edit、PDF sidecar import/export、annotated PDF export、DOCX document-copy panel 和 Q/A turn persistence。
  • Visible context 保持 right-panel 与 file-preview 注册、preview target resource、annotation sidecar resource、counts / selected / display metadata 和 agent access hints。

V1 收口判定

  • 当前阶段目标是完成通用 Workspace preview plugin V1：shared contract、main host / registry、IPC / preload / dev bridge、renderer host / shell / chrome / outlet、visible context、agent-readable bounded observation、统一 edit/action/export/range 基础、CSV/TSV/PPTX/text 首发编辑，以及生命科学 metadata / selection / annotation / bounded visualization 基线。
  • 未勾选项只允许保留 V2 已决策执行任务；不得把真实 tile / object URL / cache artifact、完整 Office 内核、HDF5/H5AD/Zarr 二进制矩阵、CZI/SVS/NDPI 像素 tile、FCS event matrix、轨迹 / 密度图或 PyMOL 级高级 viewer 硬塞进 V1。
  • V1 验收以代码证据和测试为准：workspace preview 核心 Vitest、first-party workspace worker tests、npm run typecheck、git diff --check 必须通过；已注册格式的 route / visible-context / agent observation 必须走统一插件链路，未注册格式只进入统一 summary / error shell。
  • V2 已决策后按统一链路渐进实现；执行前仍需为每个切片量化安全生命周期、缓存失效、格式解码依赖、运行时成本、UI 复杂度和 release bundling 风险。

V2 已决策执行队列

  • 【Workspace preview large asset transport V2】已决策 1A：不开放 renderer 裸 file URL；host 管 session-scoped cache / handle 生命周期；格式插件负责解码。执行顺序先做 session-scoped thumbnail / cache metadata，再做插件拥有的 tile decoder。启动条件：明确 cache invalidation、worker / renderer ownership、失败回收和 artifact size guard。验收条件：asset descriptor strategy 从 requires-* / deferred 变为真实 available，并补 range / tile / thumbnail / cache artifact host、renderer fallback 和安全清理测试。
  • 【旧格式直接插件化 V2】已决策 2B：Markdown、HTML、PDF、DOCX、图片不做长期 wrapper；逐个直接重写为新 renderer 插件，旧 panel 不再作为 registered route 的承载层。启动条件：每个格式都有 host session、bounded observation、selection、annotation / edit / export parity 和 browser smoke。验收条件：对应格式在 WorkspacePreviewHost + contribution registry 内恢复 / 完善用户可见行为，旧 IPC / route / visible-context 重复链路被删除。
  • 【格式插件身份统一 V2】已决策 3B：pluginId 统一为 markdown、html、pdf、docx、image、text，不长期保留 legacy-*。启动条件：main / renderer registry、visible context、audit trail、agent observation 使用同一组 shared plugin id。验收条件：新增 / 修改格式不再改 bridge / outlet 主体分支，manifest、viewer contribution、host action 和 tests 成为统一工作链路。
  • 【Molecular Mol* viewer plugin V2】已决策 4B：引入 Mol* 承担 PyMOL 级 surface、密度、轨迹、截图和高级着色；3Dmol 只保留为 V1 bounded structure viewer，不继续扩成高级 viewer。启动条件：确认 Electron CSP、worker / WASM、bundle size、release 签名、截图策略、agent-readable viewer state 和大文件 transport 依赖。验收条件：surface、交互式 viewer 距离 / 角度测量、pLDDT / B-factor 着色、截图、trajectory / density interaction 有统一 action / observation / audit 测试，不新增 file URL 或模型调用旁路。
  • 【迁移收口 V2】已决策：large asset transport、旧格式直接插件化和格式插件身份统一通过回归后，完成旧单体删除后的 parity 收口和重复链路清理；Mol* viewer 作为独立后续高级分子 viewer 任务，不阻塞本轮插件系统主链路收口。启动条件：右侧 workspace 查看器所有 route 都能通过新 host / registry / contribution registry 解释，旧成熟交互有自动化覆盖。验收条件：旧单体分支已删除，重复 IPC / route / visible-context 工作链路清零，localhost:5173 browser smoke、核心 Vitest、worker tests、typecheck 和 git diff --check 通过。

任务清单

  • 【迁移基线】梳理现有 WorkspaceFilePreviewPanel 支持的文本、Markdown、HTML、PDF、DOCX、图片、注释、保存、visible context 行为，补齐关键回归清单，确认第一阶段不改变用户可见行为。
  • 【Shared contract】新增 src/shared/workspace-preview 协议层，定义 plugin manifest、capabilities、preview session、structured selection、workspace observation、edit operation、export target 和格式解析规则。
  • 【Main host / registry V1】新增 src/main/services/workspace-preview host 和 registry，负责路径安全、文件状态、读写调度、watch、IPC 边界、worker client、bounded observation、range read、edit / export / action invocation；格式细节收敛到 first-party worker / renderer plugin，不继续扩张通用文件服务。
  • 【Main host / registry foundation】新增 main preview registry / host foundation，支持 first-party / deferred / life-science manifest 路由、安全 open session、file state、bounded observation，且不读取大文件内容。
  • 【Main worker observation client foundation】新增 main preview worker client，把 tabular、deck、molecular、sequence、omics、bioimaging、spectra first-party worker summaries 映射成统一 WorkspaceObservation，并在 worker 不支持或超出轻量限制时回退 generic observation。
  • 【Workspace preview IPC bridge】新增 workspacePreview:* IPC / preload / dev bridge：listPlugins、open、observe、applyEdit、export、watch、unwatch、changed event；迁移期保留旧 file:* 通道。
  • 【Workspace preview IPC bridge foundation】新增 workspacePreview:listPlugins、workspacePreview:open、workspacePreview:observe、workspacePreview:readRange、workspacePreview:applyEdit、workspacePreview:export、workspacePreview:watch、workspacePreview:unwatch、workspacePreview:changed 的 main IPC / preload / dev bridge，并保留旧 file:* 通道。
  • 【Workspace preview localhost bridge parity hardening】将 workspacePreview:*、workspace import / native drag 和 clipboard paste invoke 通道补进 dev-browser bridge allowlist，并用 preload / dev bridge parity 测试钉住 localhost:5173 Web 预览不会被 403 拦截。
  • 【Workspace preview host watch foundation】让 workspacePreview:watch 初始化和变更 snapshot 走 main preview host 的安全文件状态路径，只返回 path / size / mtime 等轻量信息，不再复用旧 eager content / image reader；旧 file:watch-workspace 行为保持不变。
  • 【Workspace preview large asset transport V2 / 已决策】按 1A 实现 session-scoped cache / handle transport，不开放 renderer 裸 file URL；在现有 range / descriptor 基础上实现 thumbnail / cache artifact / tile 的真实传输和安全清理。
  • 【Workspace preview asset artifact lifecycle V2 / 已决策】在已完成 releaseSession 基础上继续新增 session-scoped artifact lifecycle：artifact id、thumbnail / cache-artifact / tile descriptor、bounded artifact range read、source invalidation、size guard、failure rollback、sender destroyed cleanup 和 no path / file URL leak 测试。
  • 【Workspace preview thumbnail / cache artifact first slice V2 / 已决策】在 artifact lifecycle 稳定后，新增通用 plugin-metadata cache-artifact source、WorkspaceObservation.pluginMetadata[] seed 和 metadataKind 选择语义，并以 bioimaging metadata-only seed 作为首个低风险落点：descriptor strategy 可从 deferred 变为真实 available，artifact 统一输出 metadata payload，只含清洗后的 format / dimensions / channels / tilePlan 等元数据，不含像素、raw XML、workspaceRoot、path 或 file URL。
  • 【Workspace preview tile decoder V2 / 已决策】在 artifact lifecycle 和 thumbnail / cache artifact 验证后，为 bioimaging 等插件接入插件拥有的 tile decoder，更新 tilePlan.pixelDecoding / tileRendererImplemented 真实语义，并补 renderer tile available/fallback/cleanup 测试。
  • 【Bioimaging baseline TIFF tile artifact foundation】新增 prepareArtifact(kind: "tile") shared contract、worker-owned bioimaging tile artifact provider、host session-scoped tile artifact lifecycle、真实 uncompressed baseline TIFF / OME-TIFF level-0 tile PNG decoder first slice，以及 bioimaging renderer 对首块 bounded tile artifact 的 data URL consumption / fallback；成功后 describeAsset 的 tile strategy 可随 session artifact 变为 available，artifact range read 不暴露 path / workspaceRoot / file URL，并保留 CZI / SVS / NDPI、压缩 TIFF、金字塔/多平面真实 tile 和完整 viewport tile selection 作为 V2 后续增强。
  • 【Bioimaging baseline TIFF thumbnail artifact foundation】新增 prepareArtifact(kind: "thumbnail") shared contract、worker-owned bioimaging thumbnail artifact provider、host session-scoped thumbnail artifact lifecycle 和真实 uncompressed baseline TIFF / OME-TIFF bounded PNG thumbnail decoder first slice；成功后 describeAsset 的 thumbnail strategy 可随 session artifact 变为 available，artifact range read 不暴露 path / workspaceRoot / file URL，并保留压缩/专有格式 thumbnail、renderer thumbnail-first viewport strategy 和跨格式 thumbnail providers 作为 V2 后续。
  • 【Workspace preview range transport foundation】新增 session-scoped bounded byte range 读取基础，支持科学大文件后续按需读取，避免 host open 阶段 eager-load 文件内容。
  • 【Workspace preview asset descriptor foundation】新增 describeAsset host / IPC / preload / dev bridge，返回 byte-range、object-url、tile、thumbnail、cache-artifact 的统一传输策略描述，明确科学大文件默认禁止 eager read，并为后续插件解码器预留 tile / cache 状态。
  • 【Workspace preview cache-artifact lifecycle foundation】新增 host-managed session-scoped cache-artifact first slice：shared artifact descriptor / prepare request / artifact range schema、main host in-memory artifact records、bounded observation-cache JSON、source size/mtime invalidation、failure rollback、sender destroyed cleanup、describeAsset.artifacts 和 cache-artifact: available strategy、IPC / preload / dev bridge / renderer host transport wiring，以及 no path / workspaceRoot / file URL leak 回归。
  • 【Workspace preview descriptor-driven range transport client】将 renderer host / shell / outlet 的 asset descriptor 收敛进 WorkspacePreviewHostState，新增 transport facade，统一暴露 byte-range read、strategy status、bounded bytes 和 bounded text read；object-url / tile / thumbnail / cache-artifact 只表达 requires / deferred 状态，不新增 IPC 或独立解码旁路。
  • 【Workspace preview asset handle transport foundation】按 1A 将 asset descriptor / readRange 结果收敛为 session-scoped assetId + sanitized display metadata，renderer 不再接收 host absolute path、workspaceRoot 或 file URL，插件只通过统一 transport facade 读取 bounded bytes / text。
  • 【Workspace preview session release lifecycle foundation】新增 workspacePreview:releaseSession 的 shared API、main IPC / preload / dev bridge、main host session 删除、renderer host 状态清理和 panel shell target/unmount cleanup；释放后旧 session 不能继续读取 asset descriptor，且不新增 file IPC 或独立清理旁路。
  • 【Renderer host / registry foundation】新增 src/renderer/src/workspace-preview 的非侵入式 WorkspacePreviewHost state helper 和插件 registry，支持 list / resolve / open / observe / readRange / applyEdit / export / watch / unwatch；旧右侧 workspace 查看器 wiring 和共享 toolbar / inspector chrome 仍在后续迁移任务里。
  • 【Renderer shared chrome / panel wiring V1】在 WorkspacePreviewHost 基础上实现共享 toolbar / breadcrumb / inspector chrome、action runner、panel shell 和 right-sidebar bridge；registered formats 统一依赖 host / outlet，未注册格式才进入旧 panel fallback。
  • 【Renderer shared chrome skeleton】新增非侵入式 shared chrome view model 和薄 React shell，覆盖 toolbar actions、breadcrumb/title、empty/error/deferred/unsupported 状态、inspector summary，并补齐 molecular、sequence、omics、bioimaging、spectra 等生命科学 observation 展示。
  • 【Renderer panel shell foundation】新增非侵入式 WorkspacePreviewPanelShell，可通过 WorkspacePreviewHost open / observe / describeAsset，并复用共享 toolbar / inspector chrome；暂不替换现有右侧 workspace 查看器 wiring。
  • 【Renderer action runner foundation】新增非侵入式 toolbar action runner，在没有外部 onAction 覆盖时可从当前 observation / selection 推导 molecular、sequence、omics、bioimaging、spectra 的安全默认 action input，调用 workspacePreview:invokeAction，并把 worker 返回的 structured selection 写回 session；复杂人工参数继续留给后续专门控件。
  • 【Workbench preview bridge foundation】新增 WorkspaceFilePreviewPanelBridge 作为右侧 file panel 接线层，把 target 打开、关闭、打开目录入口和 visible context 接到 workspace preview shell。
  • 【Workbench preview bridge route hardening】修复 tabular shell 路由误判：.csv / .tsv / .jsonl / .ndjson / .xlsx 只由 tabular manifest 接管，.ppt / .xls 等未注册格式不被 fallback 吞掉；补 shared predicate 和 bridge shim 回归。
  • 【Workbench preview registry-driven route foundation】右侧 bridge 改为 renderer registry 驱动：Markdown、HTML、PDF、DOCX、图片、text、tabular、deck、生命科学等 registered formats 全部进入 WorkspacePreviewPanelShell，非生命科学 deferred 格式进入 summary shell，未注册格式才走旧 panel fallback。
  • 【Workspace preview plugin outlet substrate】将 shell 路径的 viewer 分发从 WorkspaceFilePreviewPanelBridge 收敛到 WorkspacePreviewPluginOutlet，统一 text / tabular / deck / life-science viewer 的 applyEdit -> observe 刷新链路和 deferred summary fallback；bridge 只负责 registry route、右侧按钮和 visible context。
  • 【Workspace preview renderer contribution registry】把 WorkspacePreviewPluginOutlet 推进为 renderer contribution registry，默认贡献 text / markdown / html / image / pdf / docx / tabular / deck / molecular / sequence / omics / bioimaging / spectra viewer，并支持自定义 contribution 按 pluginId / modality / observation shape 接管渲染；新增格式无需再修改 bridge 或 outlet 主体分支。
  • 【Workspace preview visible-context foundation】为 WorkspacePreviewPanelShell 路径注册 right-sidebar.file-preview visible context，向 agent 暴露 pluginId、modality、mode、selection kind、action count、asset transport、workspace resource 和 route reason；旧 panel visible context 只服务未注册 fallback。
  • 【Workspace preview shell observation visible-context payload】让新 WorkspacePreviewPanelShell visible context state 携带 bounded WorkspaceObservation，便于 agent 直接观察 CSV / PPTX / 生命科学预览的结构化状态；补 .test.ts shim，确保 bridge .tsx 测试进入默认 Vitest include。
  • 【Fallback panel observation visible-context wiring】迁移期曾在旧 fallback visible context 中挂载统一 WorkspaceObservation 摘要；当前 bridge 已删除 legacy fallback，visible context 由 WorkspacePreviewPanelShell / WorkspacePreviewPluginOutlet 统一发布，继续避免嵌入 PDF base64、图片 data URL 或完整 sidecar。
  • 【Workspace preview selection observation refresh foundation】在 main host observe 和 renderer host applyEdit 成功路径叠加 session selection，确保 worker observation / visible context 能立即反映最新 structured selection，并用 mock workerClient 单测钉住 host 层语义。
  • 【Renderer registry foundation】新增 renderer preview registry skeleton，覆盖 text、markdown、html、image、pdf、docx、tabular、deck、life-science 插件描述和 deferred scope guard，并作为 bridge route 的唯一 registered format 来源。
  • 【WorkspaceFilePreviewPanel 删除前回归基线】旧单体删除前的 mode switching、保存 UI、iframe / image rendering、annotation panel 和 visible-context 行为已迁入 Markdown / HTML / Image / PDF / DOCX renderer plugin、bridge、shell 和 outlet 回归测试；旧单体专属测试随物理删除移除。
  • 【旧格式直接插件化 V2 / 已决策】按 2B 将 Markdown、HTML、PDF、DOCX、图片逐个重写为真实 renderer 插件，不做长期 legacy wrapper；当前 route 已进入 shell 且旧单体已物理删除，Markdown / HTML / 图片 / PDF / DOCX renderer 已有 foundation，Markdown 相对图片、HTML preview URL、HTML preview/source/split mode、HTML open-external / zoom / save-refresh、PDF / DOCX annotation sidecar / panel / overlay / selection applyEdit / sidecar export / PDF sidecar import / AI follow-up persistence、PDF annotated export 已接入统一 host，file:preview-workspace-html / file:write-docx-text / pdfAnnotations:* 旧 renderer-facing IPC 表面已删除；已注册旧格式的声明 export / annotation 能力均有 host 或 renderer 实现 / 负向测试兜底，通用 file:* 保留为非 preview 工作区能力和 main host 内部服务复用。
  • 【Fallback adapter observation foundation】新增旧单体 result 到统一 WorkspaceObservation 的纯函数 adapter，覆盖 fallback 面板可见状态、selection 和可执行 actions，作为删除旧单体前的对照基线。
  • 【Text first-party plugin route foundation】将 .txt / .text / .log 从旧单体 preview route 切到 WorkspacePreviewPanelShell，main registry 使用 first-party text manifest，host 输出 bounded WorkspaceObservation.visibleText / text 摘要，renderer TextWorkspaceViewer 复用统一 text.replaceRange edit operation 写回并刷新 observation。
  • 【格式插件身份统一 foundation】将 shared / main / renderer registry 的 text、markdown、html、image、pdf、docx、tabular、deck 插件 id 收敛为同一组 shared constants，删除 main / renderer 对 agent 可见的 legacy-* / legacy 插件身份，fallback 统一到 text。
  • 【First-party manifest parity hardening】将 text 扩展、Markdown / PDF MIME 和 image source-copy export formats 抽到 shared constants，并让 main / renderer registry 共用同一份声明；补 .tex / .bib 路由和 .jsonl 不再由 text 重复声明的回归，避免 toolbar / host capability drift。
  • 【格式插件直接拆分 V2 / 已决策】在身份统一后逐个拆出 renderer 插件：markdown、html、image、pdf、docx；每个插件声明自己的 preview / edit / inspect / annotation / export 能力，并通过 contribution registry 接入，不再新增 bridge / outlet 主体分支。
  • 【Markdown renderer plugin foundation】新增 MarkdownWorkspaceViewer registered renderer，复用 bounded WorkspaceObservation.visibleText 和既有 hardened Markdown preview，提供 source edit + preview 双栏，不新增 bridge 分支、file URL 或旧面板旁路。
  • 【HTML renderer plugin foundation】新增 HtmlWorkspaceViewer registered renderer，复用 bounded source observation，并通过统一 workspacePreview.invokeAction 的 html.previewUrl host action 获取 tokenized HTML preview URL；无 URL 时只保留 sandboxed srcDoc fallback，不新增 bridge 分支、file URL 或旧 IPC 旁路。
  • 【HTML preview URL host action foundation】将 HTML 相对资源预览收敛到 workspace preview host action，复用 existing WorkspaceHtmlPreviewService 的 token、path containment、mtime cache bust 和 relative asset serving；action result 只返回 URL / size / mtime，不暴露 absolute path / workspaceRoot。
  • 【HTML renderer parity hardening】HTML registered renderer 恢复 preview/source/split 模式并默认 preview-only，补回 tokenized preview URL 的外部打开、iframe zoom controls 和 text.replaceRange -> observe -> html.previewUrl 保存刷新回归；继续保持 sandbox allow-scripts 关闭，避免为了旧交互式 HTML 行为扩大本地执行面。
  • 【Image renderer plugin foundation】新增 ImageWorkspaceViewer registered renderer，通过 asset descriptor + WorkspacePreviewAssetTransportClient.readBytesIfWithin 生成 bounded data URL 预览，支持 fit / zoom controls 和缺 asset / 超限 / 非 image fallback，不使用 readWorkspaceImage、file URL 或旧面板旁路。
  • 【PDF renderer plugin byte-range foundation】新增 PdfWorkspaceViewer registered renderer，通过 asset descriptor + WorkspacePreviewAssetTransportClient.readBytesIfWithin 获取 bounded PDF bytes 并交给既有 WritePdfViewer；大文件 / 缺 asset 明确 fallback，不使用 readWorkspaceFile、sourceUrl、file URL 或旧面板旁路。
  • 【DOCX renderer plugin foundation】新增 WorkspaceObservation.document.paragraphs bounded contract、main host DOCX observation 和 DocxWorkspaceViewer registered renderer；段落编辑通过统一 document.updateParagraph / workspacePreview.applyEdit 保存，不再让 DOCX viewer 内部调用旧 writeWorkspaceDocxText IPC。
  • 【PDF / DOCX sidecar export foundation】将 PDF / DOCX sidecar export 能力统一到 renderer / main registry、toolbar action 和 WorkspacePreviewHost.exportPreview，复用 annotation sidecar package service 生成 reviewable zip，audit 标记为 sidecar-package，不再把 sidecar export 暴露为未实现的 renderer-only 能力。
  • 【PDF / DOCX selection annotation applyEdit foundation】新增通用 document annotation operation helper，将 WritePdfViewer / WriteDocxViewer 的选区 highlight / comment / question / translation 动作统一转换为严格 annotation.upsert operation，并通过 WorkspacePreviewPluginOutlet 的 applyEdit 写入 host sidecar；不新增旧 IPC、renderer sidecar 直写或格式专用旁路。
  • 【PDF / DOCX annotation panel host parity foundation】新增 annotation.sidecar.read host action、annotation.thread.update / annotation.thread.delete edit operation 和 DocumentAnnotationPanelController；PDF / DOCX renderer 从 sidecar 生成 overlay / active / jump props，面板 resolve / reopen / delete / edit / reload / sidecar export 全走 workspacePreview host，不调用 window.sciforge.pdfAnnotations 或旧单体 route。
  • 【PDF annotated export host parity foundation】将 PDF annotated-pdf export 能力声明到 main / renderer registry，并在 WorkspacePreviewHost.exportPreview 中复用 exportPdfAnnotationAdobePdf 生成 .annotated.pdf；audit effect 标记为 annotated-pdf，不走 pdfAnnotations:exportPdf 旧 IPC。
  • 【PDF sidecar import host-action parity foundation】将 PDF annotation package 导入收敛为 workspacePreview.invokeAction(annotation.sidecar.import)：目标 PDF / workspaceRoot 只从当前 preview session 派生，输入严格二选一 packagePath / packageBase64，host 复用既有 sidecar package service 写入 .sciforge/pdf-annotations，返回 sanitized sidecar / counts / fingerprint diagnostics，并让面板 Import 按钮成功后统一 observe + sidecar reload，不恢复 pdfAnnotations:import 旧 IPC。
  • 【PDF / DOCX annotation AI follow-up parity foundation】把注释面板的 ask / translate / follow-up 重新接到 workspace preview path：Workbench 通过 bridge 注入 side conversation runtime，DocumentAnnotationPanelController 构造 grounded prompt、复用 / 创建 pdf_annotation side thread，并用统一 annotation.upsert 写入 question / answer / sourceMessageId / thread kind 元数据；不在 renderer 直写 sidecar，也不恢复旧单体 state mutation。
  • 【Workspace preview bridge legacy fallback removal】将 WorkspaceFilePreviewPanelBridge 的 legacy-panel route 删除，空 target、已注册格式、deferred science 和未知格式全部进入 WorkspacePreviewPanelShell / WorkspacePreviewPluginOutlet；未知格式通过 unregistered-format summary/error 路由承接，不再从 bridge 旁路回旧单体面板。
  • 【WorkspaceFilePreviewPanel physical deletion】删除旧 WorkspaceFilePreviewPanel 单体组件、旧 preview 专属测试和 legacy-adapter，Workbench 只 lazy-load WorkspaceFilePreviewPanelBridge；iframe sandbox policy 回归改为覆盖新的 HtmlWorkspaceViewer sandbox iframe。
  • 【Workspace preview legacy IPC surface removal】删除 renderer-facing file:preview-workspace-html / previewWorkspaceHtml 和 file:write-docx-text / writeWorkspaceDocxText IPC 表面；HTML preview URL 改由 workspacePreview.invokeAction(html.previewUrl)，DOCX 段落写回改由 workspacePreview.applyEdit(document.updateParagraph)，底层 WorkspaceHtmlPreviewService 与 writeWorkspaceDocxText 服务函数仅保留给 main host 内部复用。
  • 【PDF annotation legacy IPC surface removal】删除 renderer-facing window.sciforge.pdfAnnotations 和 pdfAnnotations:load/save/export/exportPdf/import IPC / dev bridge / localhost allowlist / schema re-export 表面；PDF / DOCX annotation read、thread edits、sidecar export、PDF annotated export 和 PDF sidecar import 均走 workspacePreview session 链路，底层 pdf-annotation-sidecar-service 仅作为 main host 内部实现保留。
  • 【Workspace preview old file IPC bypass audit】审计 src/renderer/src/workspace-preview、WorkspaceFilePreviewPanelBridge 和旧格式 renderer：不再直接调用 readWorkspaceFile / readWorkspaceImage / writeWorkspaceFile / pdfAnnotations / 旧 HTML 或 DOCX IPC；这些 file:* 通道仅保留给通用 workspace 文件树、Workbench 其他非 preview 流程和 WorkspacePreviewHost main-side 服务实现。
  • 【Markdown relative image host-action wiring】将 Markdown renderer 的相对 workspace 图片加载改为显式注入的 workspacePreview.invokeAction(markdown.readImage)；WriteMarkdownPreview 不再默认读取 window.sciforge.readWorkspaceImage，action result 只返回 data URL / MIME / size，不暴露 path、workspaceRoot 或 file URL。
  • 【Workspace preview manifest truthfulness hardening】继续收窄旧格式插件 manifest：Markdown 只声明当前 host 可执行的同源 markdown source-copy export，不声明 html 转换；Image 只声明 preview / inspect / source-copy export，不声明未实现的 edit 或 structured selection；main / renderer registry 回归钉住能力一致性。
  • 【Agent observation V1】为 fallback 摘要、text、CSV / TSV / JSONL / NDJSON / XLSX、PPTX 和生命科学 first-party 插件输出统一 bounded WorkspaceObservation，让 agent 能观察当前文件、模式、可见文本、selection、tables、slides、annotations、生命科学摘要和可执行 actions。
  • 【Agent observation worker summaries foundation】将 first-party worker 输出接入 host observe()，覆盖 CSV/TSV/JSONL、PPTX 轻量摘要、PDB/CIF/SDF/MOL/XYZ、FASTA/FASTQ/GenBank/GFF/GTF/BED/VCF、MTX/H5AD placeholder、TIFF/OME-TIFF/CZI/SVS/NDPI placeholder、MGF/mzML/mzXML/FCS 摘要的 agent-readable observation 基线。
  • 【Agent observation life-science routing hardening】补齐 main worker client 对 MOL2、FASTA、CZI placeholder、H5AD-like embedding metadata 的路由 / observation 回归，确保生命科学 worker 输出能稳定映射到 shared WorkspaceObservation。
  • 【Life-science edit capability declaration hardening】收窄生命科学预览插件 manifest 的文件写入能力声明：保留 agent 最高权限、inspect / structured selection / annotations / worker action 交互，但在未实现真实写回前不自动暴露 applyEdit / save，host fallback observation 同步遵守该声明。
  • 【Workspace preview capability truthfulness hardening】收窄 workspace preview manifest 的虚标能力：tabular export 只声明当前 host 可执行的 CSV / TSV source-copy，生命科学插件只声明同源文件副本导出并移除通用持久 annotations 声明，避免 UI / agent 暴露未实现的转换 export、session export、ROI export 或 sidecar annotation 写回。
  • 【Life-science actionable observation context foundation】扩展统一 WorkspaceObservation 的生命科学上下文，保留 omics matrix / obs / var / metadata keys、bioimaging metadata-only tile plan、spectra ranges / sampled peaks / scan markers，并让 main worker client 和 renderer inspector 复用同一 bounded observation，不新增二进制 payload 旁路。
  • 【Worker action invocation foundation】新增 workspacePreview:invokeAction shared contract、main host / IPC / preload / dev bridge / renderer host 通道，并将 molecular、sequence、omics、bioimaging、spectra 的 first-party worker 纯内存选择、搜索、标注、导出 helper 接入带 audit 的统一 action invocation。
  • 【Worker action invocation hardening】补齐 main worker client action 回归：unsupported action 返回明确 unsupported-action，spectra range selection 不信任 caller-supplied peaks，bioimaging placeholder ROI annotation 不解码像素，molecular distance 在缺失坐标时返回明确 fallback。
  • 【Life-science inspect action invocation foundation】贯通已声明但未接入的生命科学 inspect / preview 动作：sequence feature / summary、omics metadata / capabilities、bioimaging metadata header / tile plan、spectra preview / scan inspection 均复用现有 bounded preview 对象返回，不新增解析旁路或文件写回承诺。
  • 【Tabular / deck worker action invocation foundation】将 tabular preview / inspect / query / selection / bounded row edit helper 和 deck slide / text selection helper 接入 main worker action dispatcher，并补 renderer action runner 默认输入；当前仅返回纯内存结果 / structured selection，不执行文件保存。
  • 【Edit operations V1】实现统一 edit operation / patch apply 通道，支持 text range edit、CSV / TSV 表格单元格与行列增删、PPTX 文本元素更新、DOCX 段落更新、PDF / DOCX annotation upsert、workspace / molecular / deck / sequence / omics / bioimaging / spectra selection session edit，并保留 audit trail、bounded diff summary 和 undo hint 扩展点。
  • 【Edit operations foundation】新增 host / IPC 级 applyEdit foundation，支持文本 range edit 真实写回、分子 selection session 更新、路径匹配校验和 audit result；其他格式操作保留为后续插件实现。
  • 【Edit diff summary / undo hint foundation】为 workspace preview applyEdit 成功结果新增 bounded diffSummary，覆盖 text replace 和 CSV / TSV tabular edit 的 touched range / cells / rows / columns、counts、bounded previews 和 undo.available:false 提示；renderer host 保存最近一次 summary，bridge 显示非阻塞状态提示，不实现完整 undo 栈。
  • 【DOCX paragraph edit host foundation】将 document.updateParagraph 接入统一 workspace preview applyEdit，复用既有 DOCX OpenXML serializer 写回单段落，更新 session mtime / audit，并返回 bounded before/after diff summary；完整 Office 编辑内核和批注编辑继续延后。
  • 【PDF / DOCX annotation upsert host foundation】将 annotation.upsert 收敛为严格结构化 target，并接入统一 workspacePreview.applyEdit：host 复用现有 .sciforge/pdf-annotations sidecar load/save，支持 PDF rect anchor、DOCX quote/context anchor、已有 annotation 更新、sidecar-write audit 和 bounded diff summary，不接受任意 sidecar path 或 opaque JSON blob。
  • 【PDF / DOCX annotation observation foundation】让 main preview host 的 observe() 为 PDF / DOCX 统一注入 sidecar thread 级 WorkspaceObservation.annotations 摘要，并声明 annotation.upsert action；仅暴露 bounded status/page/title/preview，不泄漏完整 sidecar、rects、fingerprint、authors 或 transcript metadata。
  • 【Tabular worker plugin V1】新增 packages/workers/workspace-tabular，承载 .csv / .tsv 可写预览编辑、.jsonl / .ndjson / .xlsx bounded 只读预览、结构化选择、filter / sort、CSV / TSV 行列操作和 WorkspaceObservation 输出；main / renderer registry 只声明这些 V1 扩展，.xls、.parquet、.feather、.arrow、XLSX 写回和复杂导入导出进入 V2。
  • 【Tabular worker skeleton】新增 packages/workers/workspace-tabular first-party worker skeleton，包含 zod contract、CSV / TSV bounded preview parser、列摘要、行数统计和 WorkspaceObservation-shaped summary。
  • 【Tabular JSONL expansion】增强 packages/workers/workspace-tabular，支持 .jsonl / NDJSON bounded preview、字段发现、nested value preview、row count estimate、WorkspaceObservation-shaped table summary 和纯内存 updateCell / insertRows helper。
  • 【Tabular XLSX bounded read-only preview foundation】增强 packages/workers/workspace-tabular，支持 .xlsx 首个 sheet 的 bounded 只读预览、header / previewRows / column summary / WorkspaceObservation 输出，并在 worker action 中仅开放 filter / sort / selection 等 read-only 能力，写回继续明确延后。
  • 【Tabular query / selection foundation】增强 packages/workers/workspace-tabular，新增 CSV / TSV / JSONL 共用 preview rows 的 filter、stable sort、structured cell selection summary 和 agent-readable visible text helper。
  • 【Tabular viewer baseline shell】新增非侵入式 renderer 表格 viewer 基线组件，基于 WorkspaceObservation 展示 table row / column 摘要、tabular selection ranges / cells、visibleText、actions 和 grid/editor 挂载占位，并接入 workspace preview shell 的 tabular observation 分支。
  • 【Tabular CSV / TSV write-back foundation】新增 worker 级 CSV / TSV delimited edit serializer 和 host applyEdit 写回分支，支持安全转义后的单元格更新、数据行插入、mtime / size session 更新、audit trail，并对 JSONL / XLSX 等非 delimited 格式明确降级。
  • 【Tabular bounded grid observation foundation】扩展 shared WorkspaceObservation.tabular，让 worker observe / preview action 返回 bounded header + previewRows，并让 renderer tabular viewer 渲染只读 bounded grid；需要人工输入的 edit / export toolbar 动作先明确禁用。
  • 【Tabular bounded grid filter / sort UI foundation】在 renderer tabular viewer 上实现 bounded preview 内的文本筛选和列排序状态，agent summary / visible text 只报告 filter / sort 状态，不改 worker、main、contract 或真实文件保存路径。
  • 【Tabular bounded cell edit UI foundation】在 renderer tabular viewer 中新增 bounded cell 编辑控件，生成 tabular.updateCell operation；无 apply handler 时明确禁用，接入 workspace preview bridge 后可调用 host applyEdit 并重新 observe 刷新预览。
  • 【Tabular bounded row insert UI foundation】在 renderer tabular viewer 中新增 bounded row insert 控件，生成 tabular.insertRows operation；支持 top / bottom / after visible row 入口，无 apply handler / observation / advertised action 时明确禁用，接入 workspace preview bridge 后复用 host applyEdit 并重新 observe 刷新预览。
  • 【Tabular row / column delete write-back foundation】新增 tabular.deleteRows / tabular.deleteColumns edit operation、worker 纯内存 helper、CSV / TSV header-aware 写回映射和 agent invoke action 基线；renderer 暂只展示并禁用 toolbar action，专门删除控件留给后续 UI slice。
  • 【Tabular column insert write-back foundation】新增 tabular.insertColumns edit operation、worker 纯内存 helper、CSV / TSV header-aware 写回映射和 agent invoke action 基线；renderer 既有列插入控件可复用该后端基础。
  • 【Tabular bounded column insert UI foundation】在 renderer tabular viewer 中新增 bounded column insert 控件，生成 tabular.insertColumns operation；支持 first / last / after visible column 入口，列值限定为 header + 当前 bounded rows，无 apply handler / observation / advertised action 时禁用。
  • 【Tabular row / column delete UI foundation】在 renderer tabular viewer 中新增 row / column delete 确认控件，生成 tabular.deleteRows / tabular.deleteColumns operation；无 apply handler / observation / advertised action 时禁用，接入 workspace preview bridge 后复用 host applyEdit 并重新 observe 刷新预览。
  • 【CSV / TSV first-party shell route foundation】右侧 workspace preview bridge 将 .csv / .tsv 首批白名单路由到新 WorkspacePreviewPanelShell 和 tabular viewer，避免过早宣称完整表格插件首发。
  • 【Tabular JSONL / XLSX read-only shell route foundation】右侧 workspace preview bridge 将 .jsonl / .ndjson / .xlsx 接入统一 tabular shell；JSONL / NDJSON / XLSX observation 仅广告 preview / inspect / filter / sort / selection，只读格式不暴露 applyEdit / save 或 tabular 写动作，CSV / TSV 写回链路保持不变。
  • 【Worker package integration checklist】新增 worker 包时同步 root workspaces、root scripts、package exports、tsconfig、MCP server tests、release-worker manifest / desktop bundling 审核，不允许只建孤立包目录。约束记录在 docs/workspace-worker-package-integration-checklist.md，并由 src/main/worker-package-metadata.test.ts 覆盖 root workspace / scripts / exports / release bundling guard。
  • 【Workspace worker package integration】将 @sciforge/workspace-tabular、@sciforge/workspace-deck、@sciforge/workspace-molecular、@sciforge/workspace-sequence、@sciforge/workspace-omics、@sciforge/workspace-bioimaging、@sciforge/workspace-spectra 接入 root npm workspaces、root test / typecheck scripts 和 package-lock workspace link，保持 release bundling 暂不启用。
  • 【CSV 插件首发】用新插件系统实现 .csv / .tsv 表格预览和编辑，支持排序、筛选、单元格编辑、行列增删、保存、撤销提示和 agent 可读 selection。
  • 【Deck worker plugin V1】新增 packages/workers/workspace-deck，承载 .pptx slide outline、文本抽取、notes / comments bounded observation、wireframe slide preview、结构化 slide / text selection、单文本元素写回和同源 .pptx 导出；.ppt、像素级渲染和格式转换进入 V2。
  • 【Deck worker skeleton】新增 packages/workers/workspace-deck first-party worker skeleton，包含 zod contract、slide metadata summary、deck outline 和 WorkspaceObservation-shaped summary。
  • 【Deck PPTX summary expansion】增强 packages/workers/workspace-deck，支持从 PPTX OpenXML zip 轻量抽取 slide order、title、text snippet、notes preview、notes count 和 WorkspaceObservation-shaped deck summary；完整渲染 / 编辑仍留给 PPTX 插件首发。
  • 【Deck text element / selection foundation】增强 packages/workers/workspace-deck，抽取 bounded slide / notes text elements，并新增纯内存 slide selection、text query / kind / element selection helper，便于 agent 观察和定位汇报材料内容。
  • 【Deck selection contract hardening】统一 deck worker selection 输出到 shared { kind: 'deck', slideIds, elementIds? } 结构，补测试防止旧 slideId / slideIndex 形状回流，确保 action runner 能把 PPTX slide/text 选择写回 session。
  • 【Deck text element visible selection foundation】扩展 shared WorkspaceObservation.deck.textElements、main worker client 和 deck viewer，让 PPTX bounded text element 能被 agent / 人类观察，并在 deck selection 中高亮已选 element。
  • 【Deck text element action runner foundation】增强 renderer action runner 的 deck.selectText 默认输入，优先使用当前 deck selection 对应 bounded text element，否则回退第一个可见 text element；没有 textElements 时明确失败，避免文本选择退化成 slide-only 选择。
  • 【Deck viewer baseline shell】新增非侵入式 renderer deck viewer 基线组件，基于 WorkspaceObservation 展示 slide outline、notes / visibleText、deck selection、actions 和 slide renderer/editor 挂载占位，并接入 workspace preview shell 的 deck observation 分支。
  • 【Deck current slide observation foundation】增强 renderer deck viewer，从 deck selection 或首张 slide 派生当前页，展示当前页 title、notes、bounded text elements，并写入 agent summary / stable data markers；仍不宣称像素级 slide 渲染。
  • 【Deck viewer slide / text selection UI foundation】在 deck viewer 的 slide outline 和 bounded text element 列表中增加选择按钮，统一生成 workspace.setSelection edit operation，经既有 host applyEdit 链路更新 session selection；不新增独立 selection 旁路。
  • 【Deck PPTX text element write-back foundation】新增 deck.updateTextElement edit operation、worker OpenXML 单文本元素替换、host .pptx 写回、mtime / size session 更新和 bounded diff summary；.ppt / 新增删除移动文本框继续明确延后。
  • 【Deck bounded text edit UI foundation】在 renderer deck viewer 中新增当前 / 选中文本元素 textarea 编辑入口，生成 deck.updateTextElement operation；接入 workspace preview bridge 后复用 host applyEdit 并重新 observe 刷新预览。
  • 【Workspace source-copy export foundation】让通用 workspace-file export 支持省略 path 时生成安全不冲突的同源格式副本，并让 renderer toolbar 只启用当前文件同扩展名导出；.pptx 可导出编辑后副本，pdf / png 等格式转换继续明确需要插件实现。
  • 【PPTX first-party shell route foundation】右侧 workspace preview bridge 将 .pptx 白名单路由到新 WorkspacePreviewPanelShell 和 deck viewer，.ppt 继续保留 legacy / 后续转换路径，避免误宣称完整 Office 编辑内核。
  • 【Deck PPTX comments read-only foundation】增强 packages/workers/workspace-deck，通过 PPTX relationship 读取 commentAuthors / comments part，输出 bounded comment summaries，并映射为统一 WorkspaceObservation.annotations 供 agent / 人类观察；批注编辑、回复 / resolve 和像素定位继续延后。
  • 【Deck capability declaration hardening】收窄 deck manifest 到首发真实能力：仅声明 .pptx 和同源 pptx source-copy export，移除未实现的 .ppt、pdf、png 转换能力声明；main / renderer registry 保持一致，避免 UI 或 agent 暴露假转换路径。
  • 【Deck PPTX slide wireframe preview foundation】增强 .pptx worker，从 OpenXML presentation.xml / slide shape transform 中抽取 slide size 和文本框 geometry，写入统一 WorkspaceObservation.deck.slidePreviews，renderer deck viewer 复用该 observation 渲染可点击 wireframe 文本框，不引入完整 Office 渲染内核或独立 selection 旁路。
  • 【PPTX 插件首发】用新插件系统实现 .pptx 预览和受控编辑，支持 slide 列表、当前页观察、文本框选择、备注 / 批注、导出和 agent 可读 slides。
  • 【Life science scope guard】建立生命科学格式优先级表和 plugin routing，确保当前阶段只扩展生命科学相关科学模态，非生命科学格式显示明确的延后支持状态。
  • 【Molecular worker plugin V1】新增 packages/workers/workspace-molecular，承载 .pdb、.cif、.mmcif、.sdf、.mol、.mol2、.xyz 轻量结构解析摘要、结构化选择和坐标可用时的距离测量；.xtc、.dcd、.trr、.mrc、.ccp4 以安全 metadata placeholder 进入 observation，真实轨迹 / 密度解码进入 V2。
  • 【Molecular worker skeleton】新增 packages/workers/workspace-molecular first-party worker skeleton，包含 zod contract、PDB atom / residue / chain / ligand summary 和 WorkspaceObservation-shaped summary。
  • 【Molecular text parser expansion】增强 packages/workers/workspace-molecular，支持 PDB、mmCIF / CIF、SDF / MOL、XYZ 的轻量文本解析摘要；轨迹和密度图仍留给后续大文件 transport / viewer 阶段。
  • 【Molecular MOL2 expansion】增强 packages/workers/workspace-molecular，支持 Tripos MOL2 MOLECULE / ATOM / BOND / SUBSTRUCTURE 轻量解析，输出 molecule type、charge type、bond / substructure counts、元素统计、residue / ligand / chain summary 和 observation 摘要。
  • 【Molecular selection / measurement foundation】增强 packages/workers/workspace-molecular，新增 chain / residue / ligand / atom id / index / element 纯内存结构化选择，以及坐标可用时的距离测量；无坐标时明确返回降级 warning，不假造距离。
  • 【Molecular trajectory / density placeholder foundation】增强 packages/workers/workspace-molecular，识别 .xtc / .dcd / .trr 轨迹和 .mrc / .ccp4 密度图为安全 metadata placeholder observation，输出明确未解码 warning、trajectory / density representation 和只读 preview action，避免掉回泛型文件观察或假造帧 / 体素数据。
  • 【Molecular viewer dependency spike】优先验证 Mol*，失败则评估 3Dmol.js / NGL；覆盖 Electron CSP、worker-src / WASM、React 19 vanilla mount、bundle size、签名 / release audit 风险。结论记录在 docs/workspace-preview-molecular-viewer-spike.md：首发建议 3Dmol，Mol* 留作高级结构 / 密度 / 轨迹阶段。
  • 【Molecular viewer baseline shell】新增 renderer 分子 viewer 基线组件，基于 WorkspaceObservation 展示结构摘要、selection、action 和 WebGL / 3Dmol 挂载占位；不引入真实 WebGL 依赖，不新增旧面板依赖。
  • 【Molecular 3Dmol bounded renderer foundation】新增 renderer 侧 3dmol 懒加载 adapter，分子 viewer 通过统一 workspace preview asset / readRange 读取小型 PDB / CIF / SDF / MOL2 / XYZ 文本结构并挂载真实 WebGL viewport；大文件、空文件和不支持格式保留摘要 fallback，不新增 IPC / file URL 旁路，并暂不宣称截图 / surface / 轨迹能力完成。
  • 【Molecular representation / selection bridge foundation】增强分子 viewer 的 3Dmol adapter 和 shell UI，支持 cartoon、cartoon+stick、stick、ball+stick 表示切换，chain / ligand / clear selection 生成统一 molecular.setSelection edit operation 并经 workspace preview host 刷新 observation；molecular.measureDistance 的 renderer 输入、worker 正向坐标计算和 host audit 路径补回归，surface、截图、角度测量、B-factor / pLDDT 着色和轨迹 / 密度交互继续保留在完整 viewer plugin 任务中。
  • 【Molecular viewer capability truthfulness hardening】收窄分子 viewer 空状态和 dependency spike 文档中的截图 / PNG / snapshot 表述，保持 V1 只承诺 bounded 结构渲染、表示切换、selection bridge 和轻量测距基础，交互式测量、截图和高级着色继续作为 V2 决策项。
  • 【Molecular Mol* viewer plugin V2 / 已决策】引入 Mol* 作为 PyMOL 级高级 viewer，补齐 surface、交互式 viewer 距离 / 角度测量、pLDDT / B-factor 着色、截图、轨迹 / 密度交互和更完整的 agent-readable viewer state；3Dmol 保持 V1 bounded structure viewer。
  • 【Sequence / genomics plugin V1】支持 .fasta、.fa、.fastq、.gb、.gbk、.gff、.gtf、.bed、.vcf 的 bounded 摘要、索引 / marker map、区域选择、特征 / 变异搜索和 agent 可读 sequence / feature selection；大型索引、随机访问和完整 genome browser 进入 V2。
  • 【Sequence / genomics worker skeleton】新增 packages/workers/workspace-sequence first-party worker skeleton，支持 FASTA / FASTQ / GenBank / GFF / GTF / BED / VCF 轻量摘要和 WorkspaceObservation-shaped sequence summary。
  • 【Sequence / genomics index foundation】增强 packages/workers/workspace-sequence，为 FASTA / FASTQ / GenBank / GFF / GTF / BED / VCF 输出 bounded indexed ranges、per-reference region summary、GenBank feature location 摘要，并新增纯内存 selectRegion helper 供 agent / renderer 做区域选择。
  • 【Sequence / genomics search foundation】增强 packages/workers/workspace-sequence，新增 preview-bounded 纯内存 search helper，支持 record / motif、reference、feature、variant、indexed range 搜索和 agent-readable selection / visible text。
  • 【Sequence / genomics viewer baseline shell】新增非侵入式 renderer 序列 / 基因组 viewer 基线组件，基于 WorkspaceObservation 展示 sequence count、length、alphabet、region / feature selection、actions 和 genome browser 挂载占位；不引入真实 genome browser 依赖。
  • 【Sequence bounded marker map foundation】扩展统一 WorkspaceObservation.sequence，携带 bounded references、features、indexedRanges 和 truncation flags；renderer 序列 viewer 渲染只读 SVG marker map 与可访问 marker list，并通过统一 workspace.setSelection edit operation / host observe 刷新 session selection；不读取完整序列、不引入 genome browser 依赖、不新增搜索 query 旁路。
  • 【Omics matrix plugin V1】支持 .mtx 维度 / nnz 摘要，以及 .h5ad、.loom、.h5、.hdf5、.zarr 的安全 metadata placeholder、axis / obs / var / embedding metadata、dataset selection 和 metadata-only matrix overview；真实二进制矩阵读取、embedding 坐标绘制和结构化编辑进入 V2。
  • 【Omics matrix worker skeleton】新增 packages/workers/workspace-omics first-party worker skeleton，支持 Matrix Market dimensions / nnz、metadata fallback、HDF5 / Zarr safe placeholder 和 WorkspaceObservation-shaped omics summary。
  • 【Omics metadata expansion】增强 packages/workers/workspace-omics，从 H5AD / Loom / HDF5 / Zarr JSON 或 key-value metadata 提取 n_obs / n_vars、shape、nnz、obs / var key counts、axis names 和 embedding names，继续保持二进制 payload placeholder-only。
  • 【Omics dataset selection foundation】增强 packages/workers/workspace-omics，新增 metadata-only dataset selection helper，支持 matrix id / name、obs / var keys、embedding names、axis ranges 选择，并对缺失请求返回 visible warning。
  • 【Omics shared selection foundation】扩展 shared WorkspaceStructuredSelection 和 renderer inspector，支持 omics matrix、obs / var key、embedding、axis range selection 进入 host/session/agent observation 通道。
  • 【Omics matrix viewer baseline shell】新增非侵入式 renderer 组学 viewer 基线组件，基于 WorkspaceObservation 展示 matrix shape、obs / var counts、embeddings、dataset selection、actions 和 matrix / embedding renderer 挂载占位；不解析二进制矩阵 payload。
  • 【Omics metadata matrix overview foundation】增强 renderer 组学 viewer，基于既有 WorkspaceObservation.omics 和 omics selection 渲染 metadata-only matrix overview、axis counts、matrix / obs / var / embedding / metadata chips 和 selected ranges；不假造 heatmap / scatter / embedding 坐标，不解析二进制矩阵 payload，不新增 selection 旁路。
  • 【Bioimaging plugin V1】支持 .tif、.tiff、.ome.tiff 的 TIFF / OME metadata sniff、metadata-only tile pyramid plan、通道 / ROI 选择、ROI annotation / export 和 agent 可读 ROI / channel observation；.czi、.svs、.ndpi 保持安全 placeholder，真实像素 tile、金字塔解码和截图进入 V2。
  • 【Bioimaging worker skeleton】新增 packages/workers/workspace-bioimaging first-party worker skeleton，支持 TIFF / BigTIFF header sniff、OME XML dimensions / channel metadata、CZI / SVS / NDPI safe placeholder 和 WorkspaceObservation-shaped bioimaging summary。
  • 【Bioimaging tile / ROI selection foundation】增强 packages/workers/workspace-bioimaging，为 TIFF / OME-TIFF 生成 metadata-only tile pyramid plan，并新增 ROI clamp / selection、channel selection helper；CZI / SVS / NDPI 继续保持安全 placeholder。
  • 【Bioimaging ROI annotation / export foundation】增强 packages/workers/workspace-bioimaging，新增 metadata-only ROI annotation 和 ROI set JSON export helper，支持 OME-TIFF / CZI / SVS 等预览的可追踪 ROI / channel 标注，不包含像素、截图或真实 tile renderer。
  • 【Bioimaging viewer baseline shell】新增非侵入式 renderer 生物影像 viewer 基线组件，基于 WorkspaceObservation 展示 dimensions、channels、ROI/channel selection、annotations、actions 和 metadata-only tile viewport 挂载占位；不解码像素。
  • 【Bioimaging metadata tile overview foundation】增强 renderer 生物影像 viewer，基于既有 WorkspaceObservation.bioimaging.dimensions / tilePlan / channels 和 bioimaging selection 渲染 metadata-only virtual tile grid、tile transport markers 和 bounded ROI overlay；不解码像素、不读取 range / object URL、不声明截图或真实 tile renderer 已完成。
  • 【Proteomics / spectra plugin V1】支持 .mgf sampled peak 摘要 / bounded peak plot / range selection / annotation / peak-list export，.mzML / .mzXML scan marker 摘要，以及 .fcs metadata / gating placeholder 和 agent 可读 spectrum / population selection；真实 mzML 二进制峰图、FCS event matrix 和真实 gating 进入 V2。
  • 【Proteomics / spectra worker skeleton】新增 packages/workers/workspace-spectra first-party worker skeleton，支持 MGF spectrum / peak counts、mzML / mzXML scan markers、FCS safe placeholder 和 WorkspaceObservation-shaped spectra summary。
  • 【Proteomics / spectra range selection foundation】增强 packages/workers/workspace-spectra，输出 m/z / intensity range、sampled peaks、mzML / mzXML scan range metadata、FCS event axis / gating placeholder，并新增纯内存 selectPeaksByRange helper。
  • 【Proteomics / spectra annotation / export foundation】增强 packages/workers/workspace-spectra，新增 sampled peak / scan range annotation、bounded CSV / TSV / JSON peak-list export，以及 FCS population gate placeholder annotation；不解码真实 FCS event matrix。
  • 【Proteomics / spectra viewer baseline shell】新增非侵入式 renderer 谱图 viewer 基线组件，基于 WorkspaceObservation 展示 spectrum / peak counts、xAxis、range / peak selection、actions 和 bounded sampled peak plot / FCS gating 挂载占位；不绘制真实峰图或解析 FCS event matrix。
  • 【Proteomics / spectra bounded peak plot foundation】增强 renderer 谱图 viewer，把 WorkspaceObservation.spectra.sampledPeaks、mzRange、intensityRange 和 spectra selection ranges 渲染为轻量 SVG stem plot；没有 sampled peaks 但有 scanMarkers 时渲染 bounded scan marker strip；无可画数据或 FCS event matrix 时保留明确空状态 / placeholder，不新增二进制解码或 worker 旁路。
  • 【拖拽与复制粘贴】在 workspace 查看器中实现拖入文件 / 文件夹、内部移动、拖到会话作为附件、复制路径 / 内容、粘贴文件 / 截图 / 文本到当前目录，并处理冲突命名策略。
  • 【拖拽与复制粘贴 contract foundation】新增 workspace preview transfer contract，覆盖 drag-in / drag-out action、drag source / target、copy / paste payload、冲突命名策略，以及 Electron desktop 真实文件能力和 Web 预览下载 / 复制路径 / 复制内容降级能力。
  • 【Workspace 文件树 drag-out reference foundation】为右侧 workspace 文件树行写入稳定 WorkspacePreviewDragSource / workspace reference DataTransfer payload，并提供 text/plain 相对路径 fallback，作为拖到会话附件、内部移动、Electron 原生文件拖出的共同基础。
  • 【Workspace 文件树拖到会话 reference foundation】让 composer 识别 workspace 文件树的自定义 reference drag MIME 和标准 WorkspacePreviewDragSource fallback，拖到输入框时添加 ComposerFileReference 并插入对应 @file mention token；OS 文件 / 图片 / PDF 拖入路径保持不变。
  • 【Workspace 文件树内部 drop move/copy foundation】让右侧 workspace 文件树目录行和 root 空白区域消费 workspace reference drag payload，复用现有 moveWorkspaceEntry / copyWorkspaceEntry 执行树内移动或复制；同 workspace 默认 move、Option/Alt 或跨 workspace 默认 copy，并阻止目录拖进自身或子目录。
  • 【Workspace 文件树外部文件 drag-in import foundation】新增 importWorkspaceEntries 服务 / IPC / preload / dev bridge，支持从 Electron 文件拖拽导入外部文件或文件夹到 workspace 目录，复用冲突安全命名策略，并阻止把目录导入自身或子目录。
  • 【Workspace 文件树复制路径 / 内容 foundation】保留右键复制相对路径，并为文件项新增复制内容动作；复用 readWorkspaceFile，仅复制未截断文本和 DOCX plain text，PDF / 图片 / 截断大文件给出明确降级提示。
  • 【Workspace 文件树系统剪贴板 paste foundation】新增 pasteWorkspaceClipboard 服务 / IPC / preload / dev bridge，让右键 Paste 在无内部 copy/cut 项时把系统剪贴板图片保存为 PNG、文本保存为 .txt 到当前目录，并复用冲突安全命名策略。
  • 【Workspace 文件树系统剪贴板文件 paste foundation】扩展 pasteWorkspaceClipboard，识别系统剪贴板里的本地文件 / 文件夹路径（如 text/uri-list、GNOME copied-files、macOS / Windows bookmark 或 filename buffer），复用 importWorkspaceEntries 导入目标目录，并沿用冲突安全命名策略；无文件路径时继续回退图片 / 文本 paste。
  • 【Workspace 文件树 Electron native drag-out foundation】新增安全路径解析后的 startWorkspaceNativeFileDrag IPC / preload / dev bridge；桌面 sender 支持时调用 webContents.startDrag 拖出真实文件，Web / dev sender 返回明确降级并保留现有 reference drag payload。
  • 【Workspace 文件树 conflictPolicy integration foundation】将 workspace 文件树 copy / import / paste / move 统一接入 shared WorkspaceFileConflictPolicy，默认保持 rename，支持 overwrite / skip，ask / merge 明确拒绝为未实现，避免拖拽和粘贴链路各自维护冲突处理旁路。
  • 【迁移收口 V2 / 已决策】新插件系统已覆盖 Markdown、HTML、PDF、DOCX、图片、文本、Office 首发子集和生命科学基线格式；旧单体 WorkspaceFilePreviewPanel / legacy-adapter 已删除，已注册格式统一走 WorkspacePreviewHost + renderer registry + contribution registry，旧 renderer-facing preview IPC 和 visible-context 重复链路已清零，并通过 localhost browser smoke、核心 Vitest、worker tests、typecheck 和 git diff --check 回归。