README.env.ja.md

AlphaGenome Docker 環境

このDockerイメージは、AlphaGenomeおよび一般的なデータサイエンス向けライブラリがインストールされた、最小限のPython環境を提供します。Google Colabに近い環境をローカルやオフラインで再現することを目的としています。

含まれるライブラリ

• alphagenome
• matplotlib
• pandas

必要条件

• Dockerのインストール（https://docs.docker.com/get-docker/ を参照）

イメージのビルド

Dockerイメージをビルドするには、以下を実行します：

docker build -t alphagenome-env .

これにより、alphagenome-env という名前のイメージが作成されます。

対話型Pythonセッションの実行

コンテナ内で対話型のPythonセッションを開始するには：

docker run -it --rm alphagenome-env

AlphaGenome APIキーの使用

APIキーを使って run.py を実行するには、環境変数として渡すことができます：

docker run -it --rm \
  -v $(pwd):/alphagenome \
  -e API_KEY=your_real_api_key_here \
  alphagenome-env python run.py seq.fa

もしくは、このディレクトリに以下の内容を含む .env ファイルを作成してください：

API_KEY=your_real_api_key_here

その後、次のコマンドでコンテナを実行します：

docker run -it --rm \
  -v $(pwd):/alphagenome \
  --env-file .env \
  alphagenome-env python run.py seq.fa

作業ディレクトリのカスタマイズ

デフォルトでは、コンテナ内の作業ディレクトリは /alphagenome に設定されています。

ローカルのプロジェクトディレクトリをこれにマウントするには：

docker run -it --rm -v $(pwd):/alphagenome alphagenome-env

AlphaGenomeで利用できる解析

出力種別	説明	対象とするデータ・解釈
ATAC	Tn5トランスポザーゼを用いてクロマチンの開いた領域を検出	オープンクロマチン領域、調節活性の指標
CAGE	5’キャップ化RNAを基に転写開始点（TSS）を特定	プロモーター活性、正確なTSSの位置
DNASE	DNase I感受性部位（DHS）を検出	エンハンサーやプロモーターなどの制御領域
RNA_SEQ	RNAシーケンスによる遺伝子発現量の定量	発現量の推定、スプライシングパターンの解析
CHIP_HISTONE	ヒストン修飾（例：H3K27acなど）に対するChIP-seq解析	活性なエピジェネティックマーク、クロマチン状態の評価
CHIP_TF	転写因子に対するChIP-seq解析	TF結合部位の特定、調節ネットワークの構築
SPLICE_SITES	スプライスドナー／アクセプター部位の注釈または予測	エクソン-イントロン境界、スプライスシグナル
SPLICE_SITE_USAGE	各スプライス部位の使用頻度などの定量的情報	スプライシングの動態、アイソフォームの切り替えの解析
SPLICE_JUNCTIONS	RNA-seqリードから推定されるエクソン接合部	代替スプライシングの検出
CONTACT_MAPS	Hi-CやMicro-Cなどによるクロマチン相互作用データ	3次元ゲノム構造、エンハンサー・プロモーターのループ解析
PROCAP	精密なrun-on法による転写開始点の高解像度検出	活性なTSSの検出、エンハンサーの転写活性評価

オプション：JupyterLabの使用

Pythonシェルの代わりにJupyterLabを起動するには、Dockerfile内のCMDを変更するか、以下のように上書きします：

docker run -it --rm -p 8888:8888 alphagenome-env jupyter lab --ip=0.0.0.0 --allow-root --no-browser

その後、ブラウザで http://localhost:8888 にアクセスしてください。

ライセンス

このプロジェクトはMITライセンスの下で提供されています。詳細は LICENSE ファイルをご覧ください。