Похоже, что на момент подключения .settings-файлов констатнта SITE_CHARSET еще не определена.
Используя "стандартную" конфигурацию: https://github.com/maximaster/tools.twig/blob/master/docs/configuration.md, столкнулся с проблемами в работе фильтра escape из-за этого.
Помогло явное указание кодировки: 'charset' => 'UTF-8'