Conversation
There was a problem hiding this comment.
Алиса, добрый день!
1. Рефакторинг
Readme и в целом репозиторий весьма опрятные.
Разве что примеры в ноутбуке было бы здорово снадбить пояснениями.
К коду есть ряд претензий: не везде проаннтированы типы, кое-где форматирование поехало, импорты не в правильном порядке; для последнего советую настроить и использовать isort или ruff. Тут -3б
Ещё -1б из-за неточного содержания requirements.txt
11/15
2. Лес
-1б за усложнение/дублирование кода: лучше запускать pool с одним потоком вместо отдельного if-а.
В остальном всё здорово!
24/25
3. Тесты
Тут всё хорошо, только на 2 меньше чем просили в задании, поэтому 8.4/10 баллов.
Итого у вас 43.4/50 за это дз, хорошая работа!
Успехов с защитой в ИБ и в дальнейшей карьере!
| To install fast_seqs tools you need to clone the git repository using the following command: | ||
| ```bash | ||
| git clone git@github.com:Alisa411/fast_seqs.git \ | ||
| cd fast_seqs |
There was a problem hiding this comment.
этого недостаточно чтоб заработало - нужно ещё зависимости через pip поставить
| import requests | ||
| import os | ||
| import sys | ||
| import io | ||
| import datetime | ||
| from abc import ABC, abstractmethod | ||
| from dataclasses import dataclass | ||
| from random import choice | ||
| from Bio import SeqIO | ||
| from Bio.SeqUtils import gc_fraction | ||
| from bs4 import BeautifulSoup |
There was a problem hiding this comment.
| import requests | |
| import os | |
| import sys | |
| import io | |
| import datetime | |
| from abc import ABC, abstractmethod | |
| from dataclasses import dataclass | |
| from random import choice | |
| from Bio import SeqIO | |
| from Bio.SeqUtils import gc_fraction | |
| from bs4 import BeautifulSoup | |
| import datetime | |
| import io | |
| import os | |
| import sys | |
| from abc import ABC, abstractmethod | |
| from dataclasses import dataclass | |
| from random import choice | |
| import requests | |
| from Bio import SeqIO | |
| from Bio.SeqUtils import gc_fraction | |
| from bs4 import BeautifulSoup |
| Methods: | ||
| __len__(): Returns the length of the biological sequence. | ||
| __getitem__(index): Gets the character at the specified index or returns a subsequence. | ||
| __str__(): Returns a string representation of the biological sequence. |
There was a problem hiding this comment.
в целом эти дандеры можно наверное было особо не комментировать, они делают плюс-минус то, что от них всегда ожидается (особенно это касается __str__)
| gc_count = sum(base in 'GCgc' for base in self.sequence) | ||
| total_count = len(self.sequence) | ||
| gc_content = gc_count / total_count if total_count > 0 else 0 | ||
| return gc_content * 100 if as_percentage else gc_content |
|
|
||
| def transcribe(self): | ||
| transcribed_seq = ''.join(self.TRANSCRIBE_DICT.get(base, base) for base in self.sequence) | ||
| return transcribed_seq |
There was a problem hiding this comment.
дело вкуса, но я бы сразу return делал без временной переменной
к слову, прикольное использование второго аргумента в dict.get !
| results = [self._fit_tree(arg) for arg in args] | ||
| else: | ||
| with Pool(n_jobs) as pool: | ||
| results = pool.map(self._fit_tree, args) |
There was a problem hiding this comment.
можно лишний раз не if-ать, Pool при n_jobs == 1 должен корректно отрабатывать
| args = [(tree, feat_ids, X) for tree, feat_ids in zip(self.trees, self.feat_ids_by_tree)] | ||
| with Pool(n_jobs) as pool: | ||
| results = pool.map(self._predict_proba_tree, args) | ||
| probas = np.sum(results, axis=0) |
There was a problem hiding this comment.
здесь тоже первая if-а визуально прям сильно усложняет код
| n_jobs = self.n_jobs if n_jobs is None else n_jobs | ||
| probas = self.predict_proba(X, n_jobs) | ||
| predictions = np.argmax(probas, axis=1) | ||
| return predictions |
There was a problem hiding this comment.
в этом файле не достаёт аннтотаций типов
| urllib3==2.2.1 | ||
|
|
||
|
|
||
|
|
There was a problem hiding this comment.
пустые строки ни к чему
и вроде бы здесь много лишнего (кажется, вы не используете pandas или scipy)
| url = "http://argonaute.mit.edu/cgi-bin/genscanw_py.cgi" | ||
| response = requests.post(url) | ||
|
|
||
| assert response.status_code == 200 No newline at end of file |
There was a problem hiding this comment.
здесь либо переименовать тест (мол что он что именно доступность сервера проверяет), либо использовать ту же самую (глобальную) переменную , которая используется в run_genscan
потому из того, что в тесте вы захордкодили правильную ссылку, не обязательно следует, что в другом месте вы захардкодили тоже правильную ссылку)
2 participants
No description provided.