Develop#1
Open
CaptnClementine wants to merge 34 commits into
Open
Conversation
This function counts sulphur-containing amino acids (Cysteine and Methionine) in a protein sequence.
albidgy
reviewed
Oct 12, 2023
There was a problem hiding this comment.
Хорошая работа!
Плюсы:
- Отличные комментарии к коммитам.
- Подробный и понятный README.
- Код по работе с FASTQ выглядит очень хорошо. Работает все верно, за исключением того, что не учтена возможность подачи gc_bounds числа с плавающей точкой.
- Здесь как раз можно было посмотреть прогресс студента, у тебя очень хорошие успехи:)
- Стилистика кода, нейминг в последней части домашнего задания - отлично.
Замечания:
- Недостаточно внимания уделила прошлым заданиям. В основном это касается стилистики кода (см. комментарии).
- Главный скрипт не в формате .py
- Не убран import в середине главного скрипта
- В dna_rna_tools_utils.py нет импорта Typing
Баллы:
- 3 фильтрации FASTQ 3/3
- Главная функция 0.2/1 (нет формата .py, забыла убрать import в середине скрипта, нельзя подать float в gc_bounds)
- README 2/2
- Структура репозитория и качество кода 2.5/3. Нет импорта Typing, пробелы, нейминг (i), отступы, лишние скобки в if. По большей части это все штрафы с прошлых ДЗ, которые нужно было бы поправить.
- Улучшение кода ДНК/РНК и белковых тулов 0.5/1
Итого: 8.2 балла
Comment on lines
+1
to
+2
| DNA = set ('ATGCatgc') | ||
| RNA = set ('AUGCaugc') |
There was a problem hiding this comment.
Здорово, что учла комметарий от Никиты.
Есть недочет: между функцией (в данном случае у тебя функция преобразования типа) и аргументом пробел не ставится.
Suggested change
| DNA = set ('ATGCatgc') | |
| RNA = set ('AUGCaugc') | |
| DNA = set('ATGCatgc') | |
| RNA = set('AUGCaugc') |
Comment on lines
+4
to
+8
| "a": "a", "A": "A", | ||
| "t": "u", "T": "U", | ||
| "u": "t", "U": "T", | ||
| "g": "g", "G": "G", | ||
| "c": "c", "C": "C" |
There was a problem hiding this comment.
Просто на будущее: обычно используют или одинарные, или двойные кавычки. Лучше выбрать один стиль.
| return unique_chars <= RNA | ||
|
|
||
|
|
||
| def type_rna_or_dna(seqs: List[str]) -> str: |
| counter_rna = 0 | ||
| ambigiuos = 0 | ||
| for i in seqs: | ||
| if is_dna(i) and is_rna(i): |
There was a problem hiding this comment.
Не хватает отступов.
Suggested change
| if is_dna(i) and is_rna(i): | |
| if is_dna(i) and is_rna(i): |
| ambigiuos = 0 | ||
| for i in seqs: | ||
| if is_dna(i) and is_rna(i): | ||
| ambigiuos = ambigiuos+1 |
There was a problem hiding this comment.
Не хватает пробелов.
Suggested change
| ambigiuos = ambigiuos+1 | |
| ambigiuos = ambigiuos + 1 |
| return filtered_seqs | ||
|
|
||
|
|
||
| from amino_analyzer_utils import aa_weight, count_hydroaffinity, peptide_cutter, one_to_three_letter_code, sulphur_containing_aa_counter |
There was a problem hiding this comment.
все импорты лучше выносить в начало файла. А этот спорт работать не будет, потому что скрипт amino_analyzer_utils находится в директории gene_code_utils. Видимо, ты забыла удалить эту строку, но с ней код работать не будет.
| @@ -0,0 +1,145 @@ | |||
| from typing import Dict, Tuple, Union | |||
There was a problem hiding this comment.
Вообще ничего не будет работать, потому что этот файл не имеет расширения .py
| filtered_seqs = dict() | ||
| for fastq_name, (seq, quality) in seqs.items(): | ||
| if is_dna(seq): | ||
| if type(gc_bounds) == int: |
There was a problem hiding this comment.
а если ввести, например, gc_bound=44.4 работать не будет.
Comment on lines
+133
to
+138
| u_to_t = {'U': 'T', 'u': 't'} | ||
| for i in seq: | ||
| if i in u_to_t: | ||
| c_dna.append(u_to_t.get(i)) | ||
| else: | ||
| c_dna.append(i) |
There was a problem hiding this comment.
Лучше было сделать также, как и функцию transcribe.
| """ | ||
|
|
||
| filtered_seqs = dict() | ||
| for fastq_name, (seq, quality) in seqs.items(): |
Owner
Author
There was a problem hiding this comment.
Спасибо за проверку!
Owner
Author
|
Аааа, поняла, спаисбо
вт, 17 окт. 2023 г. в 18:59, Alexandra Kasianova ***@***.***>:
… ***@***.**** commented on this pull request.
------------------------------
In gene_code_utils/amino_analyzer_utils.py
<#1 (comment)>
:
> + average_weights = {
+ 'A': 71.0788, 'R': 156.1875, 'N': 114.1038, 'D': 115.0886, 'C': 103.1388,
+ 'E': 129.1155, 'Q': 128.1307, 'G': 57.0519, 'H': 137.1411, 'I': 113.1594,
+ 'L': 113.1594, 'K': 128.1741, 'M': 131.1926, 'F': 147.1766, 'P': 97.1167,
+ 'S': 87.0782, 'T': 101.1051, 'W': 186.2132, 'Y': 163.1760, 'V': 99.1326
+ }
Тут идея в том, что константа - это какая-то структура данных (желательно,
но не всегда, неизменяемая), в которую ты один раз данные записала руками и
больше их никак не меняешь. То есть этот как англо-русский словарь, ты к
нему обращаешься, чтобы узнать значение какого-то слова. Здесь принцип тот
же)
—
Reply to this email directly, view it on GitHub
<#1 (comment)>,
or unsubscribe
<https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/A7ISJYCWAXOXVJLTDK4F5G3X72TNLAVCNFSM6AAAAAA5XB2T3SVHI2DSMVQWIX3LMV43YUDVNRWFEZLROVSXG5CSMV3GSZLXHMYTMOBSG42TONZSGM>
.
You are receiving this because you authored the thread.Message ID:
***@***.***>
|
This file contains hidden or bidirectional Unicode text that may be interpreted or compiled differently than what appears below. To review, open the file in an editor that reveals hidden Unicode characters.
Learn more about bidirectional Unicode characters
Sign up for free
to join this conversation on GitHub.
Already have an account?
Sign in to comment
2 participants
Add this suggestion to a batch that can be applied as a single commit.This suggestion is invalid because no changes were made to the code.Suggestions cannot be applied while the pull request is closed.Suggestions cannot be applied while viewing a subset of changes.Only one suggestion per line can be applied in a batch.Add this suggestion to a batch that can be applied as a single commit.Applying suggestions on deleted lines is not supported.You must change the existing code in this line in order to create a valid suggestion.Outdated suggestions cannot be applied.This suggestion has been applied or marked resolved.Suggestions cannot be applied from pending reviews.Suggestions cannot be applied on multi-line comments.Suggestions cannot be applied while the pull request is queued to merge.Suggestion cannot be applied right now. Please check back later.
This branch was done for 5's homework