Estuve probando PoliScreen con un caso deliberadamente complicado (MD-2 con Eritoran, PDB 2Z65) para estresar el pipeline, y quiero compartir lo que encontré
En Receptores, la detección de cadenas y cofactores es clara, y que pida el SMILES manual del ligando extraído en vez de inferir órdenes de enlace del PDB es justo la decisión correcta para evitar el problema clásico de heterociclos mal leídos. "Detect pockets" identificó 8 cavidades en MD-2 y seleccionó automáticamente la correcta al centrar la caja en el control, funcionando bien incluso en una proteína sin sitio catalítico clásico
Vale la pena aclarar que para moléculas más simples o de menor tamaño el programa trabaja perfectamente bien, sin ninguno de los problemas que menciono abajo elegí este caso a propósito porque quería llevar la herramienta a un extremo poco común, no porque haya encontrado fallas en el uso normal
Algo que noté durante esa misma exploración: al usar "Detect pockets" con esta molécula, la visualización de las esferas que marcan los bolsillos se lagueó bastante, probablemente por la alta demanda de renderizar cavidades sobre una estructura con un ligando tan grande y complejo de por medio. No tumbó nada, pero sí hizo la interfaz notablemente más lenta en ese paso específico, y vale la pena revisar si hay margen para optimizar esa visualización cuando el receptor tiene un ligando pesado asociado
El problema más importante apareció justo después: al llegar a "Run" con Eritoran como control y como ligando (receptor = MD-2, cadena única), la app tira "The screening failed. Check the message. No complexes to analyze. Run the fusion first." Lo raro es que pasa incluso después de usar "Delete this folder's results" y de borrar ~/poliscreen/proyectos/* a mano y reiniciar el contenedor desde cero. Seguí los logs con docker logs -f en tiempo real al momento de dar clic en "Run" y no aparece ninguna línea nueva, ni traceback, ni intento de invocar Vina. El error parece dispararse antes de que se llegue a lanzar el docking, lo que sugiere una validación previa que interrumpe el flujo sin dejar rastro en consola
Mi sospecha, es que Eritoran tiene dos cadenas de acilo largas y puede exceder el límite práctico de torsiones rotables de Vina, y si el pipeline depende de que el parseo de la molécula (el mismo que ya había fallado con el aviso de "no readable structure") tenga éxito para poder construir el "complejo" final, entonces cualquier ligando que falle ese parseo, aunque sí se suba como control, nunca llega a generar algo que "fusionar" con el receptor. Valdría la pena que el mensaje de error fuera más específico sobre qué molécula o cadena falló y en qué paso exacto, en vez de un genérico "run the fusion first" sin contexto de causa. No alcancé a confirmar si esto es específico de esta molécula o un bug general, porque no llegué a probar el ejemplo oficial (8HTB) como control cruzado, así que te recomendaría probarlo con ese mismo caso si no lo han hecho ya, para aislarlo
Una sugerencia aparte, más de comodidad que de bug: sería muy útil tener un botón de exportar/enviar directo la molécula extraída en la sección de Receptores hacia la sección de Ligandos, en vez de tener que descargarla por fuera (en mi caso, del propio RCSB) y volver a subirla manualmente en ambas secciones. Ahorraría pasos y evitaría inconsistencias entre el archivo usado como control en Receptores y el que se sube como ligando
En general, muy buen trabajo. La arquitectura y el rigor científico detrás están muy por encima de lo que se ve en herramientas similares, y los problemas que encontré parecen estar justo en el manejo puntual de moléculas grandes o lipídicas
Estuve probando PoliScreen con un caso deliberadamente complicado (MD-2 con Eritoran, PDB 2Z65) para estresar el pipeline, y quiero compartir lo que encontré
En Receptores, la detección de cadenas y cofactores es clara, y que pida el SMILES manual del ligando extraído en vez de inferir órdenes de enlace del PDB es justo la decisión correcta para evitar el problema clásico de heterociclos mal leídos. "Detect pockets" identificó 8 cavidades en MD-2 y seleccionó automáticamente la correcta al centrar la caja en el control, funcionando bien incluso en una proteína sin sitio catalítico clásico
Vale la pena aclarar que para moléculas más simples o de menor tamaño el programa trabaja perfectamente bien, sin ninguno de los problemas que menciono abajo elegí este caso a propósito porque quería llevar la herramienta a un extremo poco común, no porque haya encontrado fallas en el uso normal
Algo que noté durante esa misma exploración: al usar "Detect pockets" con esta molécula, la visualización de las esferas que marcan los bolsillos se lagueó bastante, probablemente por la alta demanda de renderizar cavidades sobre una estructura con un ligando tan grande y complejo de por medio. No tumbó nada, pero sí hizo la interfaz notablemente más lenta en ese paso específico, y vale la pena revisar si hay margen para optimizar esa visualización cuando el receptor tiene un ligando pesado asociado
El problema más importante apareció justo después: al llegar a "Run" con Eritoran como control y como ligando (receptor = MD-2, cadena única), la app tira "The screening failed. Check the message. No complexes to analyze. Run the fusion first." Lo raro es que pasa incluso después de usar "Delete this folder's results" y de borrar ~/poliscreen/proyectos/* a mano y reiniciar el contenedor desde cero. Seguí los logs con docker logs -f en tiempo real al momento de dar clic en "Run" y no aparece ninguna línea nueva, ni traceback, ni intento de invocar Vina. El error parece dispararse antes de que se llegue a lanzar el docking, lo que sugiere una validación previa que interrumpe el flujo sin dejar rastro en consola
Mi sospecha, es que Eritoran tiene dos cadenas de acilo largas y puede exceder el límite práctico de torsiones rotables de Vina, y si el pipeline depende de que el parseo de la molécula (el mismo que ya había fallado con el aviso de "no readable structure") tenga éxito para poder construir el "complejo" final, entonces cualquier ligando que falle ese parseo, aunque sí se suba como control, nunca llega a generar algo que "fusionar" con el receptor. Valdría la pena que el mensaje de error fuera más específico sobre qué molécula o cadena falló y en qué paso exacto, en vez de un genérico "run the fusion first" sin contexto de causa. No alcancé a confirmar si esto es específico de esta molécula o un bug general, porque no llegué a probar el ejemplo oficial (8HTB) como control cruzado, así que te recomendaría probarlo con ese mismo caso si no lo han hecho ya, para aislarlo
Una sugerencia aparte, más de comodidad que de bug: sería muy útil tener un botón de exportar/enviar directo la molécula extraída en la sección de Receptores hacia la sección de Ligandos, en vez de tener que descargarla por fuera (en mi caso, del propio RCSB) y volver a subirla manualmente en ambas secciones. Ahorraría pasos y evitaría inconsistencias entre el archivo usado como control en Receptores y el que se sube como ligando
En general, muy buen trabajo. La arquitectura y el rigor científico detrás están muy por encima de lo que se ve en herramientas similares, y los problemas que encontré parecen estar justo en el manejo puntual de moléculas grandes o lipídicas