Génération d'index Reindeer à partir d'une liste de fichiers fastq sur Cloud ( Google Cloud Platform "GCP" et L'Institut Français de Bioinformatique "IFB")

Importation du répertoire

Connectez-vous à votre instance VM.

Téléchargez le contenu du référentiel GitHub sur votre machine en utilisant la commande git clone :

git clone https://github.com/Fadwa7/Index_Reindeer.git

Installation des outils

Pour configurer les outils requis dans votre machine virtuelle, exécutez le script suivant en donnant le chemin vers le répertoire contenant les fichier yml.

source installation.sh  ~/Index_Reindeer/envs

Sur GCP , il est recommandé de redémarer le terminal pour activer "mamba init" et exécuter "mamba activate snakemake". Pas obligatoire dans le cas d'utilisation de VM IFB

Exécution du Snakemake

Naviguez vers le répertoire GCP, et avant d'exécuter le pipeline, veuillez modifier les paramètres sur le fichier "config.json". Puis exécutez Snakemake :

cd Index_Reindeer
snakemake -s snakefile --cores $nbcores 

Résultats:

Une fois terminé, les résultats du traitement seront organisés de la manière suivante :

.
├── BCALM
├── QC
│   ├── multiqc_data
│   └── multiqc_report.html
├── REINDEER
│   ├── files_path.txt
│   └── index_reindeer
├── Statistics
│   └── reads_count.txt
└── Supplementary_Data
    ├── Benchmark
    └── Logs