用于科研论文写作、期刊风格学习、转刊与投稿包检查的 Codex skill。
从目标期刊的真实文章学习论证结构，再依据作者的研究证据组织稿件。参考文章用于学习写作，实验事实来自作者的项目材料；二者分开记录。
本 README 分两部分：Part A「使用者」 面向需要用它写论文的作者；Part B「开发者」 面向想了解结构、修改或验证本仓库的人。可只读 Part A。
- 初始化论文工作目录，整理期刊材料、研究证据与写作计划。
- 从目标期刊范文学习段落任务、信息顺序和证据组织。
- 构建论文主线、起草和修改英文稿件，并单独提供中文编辑说明。
- 基于作者最新 Word 稿进行转刊，保留其内容、公式和格式。
- 核对主稿、Supporting Information、图表、Cover Letter 等文件的一致性。
- 根据编辑的技术退回意见检查文章类型、实际字数与独立图表附件。
不用于替代原始实验核验，也不承诺投稿接收、科学正确性或查重结果。单句润色通常无需启用完整工作流。
任选一种方式，把本仓库放到 Codex 的 skills 目录，并命名为 paperwriter。
方式一：让 Codex 帮你装（推荐给不熟悉命令行的用户）
在 Codex 中直接说：
请把 https://github.com/Hongcheng-LI/paperwriter
安装为我的 Codex skill，目录名用 paperwriter。
Codex 会自行把仓库取回并放到 ~/.codex/skills/paperwriter（使用自定义 CODEX_HOME 时放在其下的 skills）。若本机缺少 git，Codex 可改用下载解压的方式完成。
方式二：命令行手动安装
git clone https://github.com/Hongcheng-LI/paperwriter.git "$env:USERPROFILE\.codex\skills\paperwriter"使用自定义 CODEX_HOME 的用户，把路径换成 $env:CODEX_HOME\skills\paperwriter。已有同名安装时，先保留本地定制内容，再同步更新，不直接覆盖。
1. 初始化论文工作目录。 在 Codex 中打开你的论文项目文件夹，输入：
使用 $paperwriter，为当前论文项目初始化工作目录。
请说明需要准备哪些材料，以及应该存放在哪里。
2. 学习目标期刊。 把目标期刊参考论文放到 01_inputs/01_target_journal/reference_articles，输入：
使用 $paperwriter，学习我提供的目标期刊论文。
请分析它们的写作结构、论证逻辑和结果组织方式，并结合我的研究内容，
提出适合本项目的论文写作框架。不要从参考论文中编造我的实验结果。
我会先给出推荐的叙事架构及其依据，并说明材料范围与提取局限，交你确认后再进入下一步。
3. 建立研究证据与主线。 提供真实研究结果、方法、数据、图表与现有草稿。先明确主要科学问题、核心证据与结论边界，再制定各章节写作蓝图；重要的范围与核心结论会先请你确认。
4. 起草与修改。 按已确认的主线分节撰写（语言可与作者约定，默认英文稿 + 中文段落级写作说明）。新项目默认以 05_drafts/merged_manuscript/manuscript.docx 作为唯一正式工作主稿。
5. 投稿前检查。 核对主稿、Supporting Information、图表与 Cover Letter 的数据、编号、引用及格式一致性。本地文件准备完成不等于正式提交：需作者确认科学内容后才整理投稿包，且不会自动外发提交。
转刊（journal transfer）与技术退回（字数、图表独立上传等）见
references/technical-resubmission.md和references/official-guidance-and-docx.md。
- 初始化工作目录：
使用 $paperwriter，为这个论文项目初始化工作目录。 - 先学期刊再定主线：
使用 $paperwriter，先学习我提供的目标期刊文章，再结合我的研究结果提出论文主线和章节安排。 - 处理技术退回：
使用 $paperwriter，依据指定文件夹中的最新投稿文件，处理编辑提出的字数统计和图表独立上传要求。
原始数据只读；优先保留作者最新版本；重要结论可追溯。区分期刊要求、范文习惯、研究事实与编辑判断。对未知参数保留核对事项，不从范文补造方法。
转刊时分别检查数据、正文信息和字符格式。技术重投时先统计实际字数，再判断是否需要删减，按适用要求拆分图表并校准主稿与 SI 引用。这里没有固定某个期刊的字数上限或通用的图表上传方式。
仅在需要了解内部结构、修改或验证本仓库时阅读。
SKILL.md：入口、适用边界和工作流。references/：写作、证据、方法、Word 保真、投稿包及技术重投指引。scripts/project_tools.py：项目初始化、材料清单与占位符检查工具。scripts/test_project_tools.py：隔离临时目录中的功能测试。assets/：通用目录结构和证据记录模板。
本仓库不包含作者论文、实验记录、谱图、文献全文或访问凭据。
修改 scripts/ 下的工具后，可在仓库根目录运行以下测试确认行为未变：
python -m unittest discover -s scripts -p "test_*.py" -v
这些测试覆盖脚本的以下行为：初始化（幂等、保留用户文件、冲突预检）、安全路径（拒绝路径逃逸与符号链接重定向）、材料清单（revision 与 scope）、占位符检查。它们只验证脚本行为，不验证论文写作质量，也不等同于科学或格式审查通过。