SAMPLING EQUIPE 2

Ce programme permet de générer un nombre de conformations de docking d'un ligand autour du récepteur
DockHunter : Lauriane PAQUET, Pierre GHOSSOUB, Matthias ELUARD, Nicolas VENEDITTAN, Nicolas BRUNEAU
		Groupe 2 - MeetU 2017/2018 - Paris VII - Denis Diderot


/!\  LES FICHIERS PDB DES COMPLEXES PEUVENT ETRE OBTENUS MAIS NE SONT PAS TRES PERTINENTS, DEBUGGAGE EN COURS  /!\


Notre stratégie est de calculer en parallèle (multiprocessing), différents docking entre recepteur / ligand dûs à des variations de rotation du ligand.
Le programme repose sur le principe des transformés de Fourier (FFT) afin de détérminer le meilleur positionnement du ligand sur le récepteur.
Nous privilégions une technique par FFT et multiprocessing pour un gain de vitesse en temps de calculs par rapport à des méthodes plus précise.

Le programme (main.py) doit être executé depuis le dossier '2017-2018_Equipe2'.
Dans le dossier 'results/', on obtient les différents fichiers pdb des complexes recepteur + ligand, pour les variations de rotation du ligand.

Le programme est compatible en Python3.
Les modules nécessaires pour exécuter correctement le programme :
    - numpy
    - multiprocessing
    - time
    - copy
    - os
    - sys
    - logging
    - math
    - Une représentation graphique de la corrélation de surface est possible avec matplotlib.

Pour afficher le 'help' du programme:
$ python3 src/main.py --help

Exemple de commande pour exécuter le programme depuis le dossier '2017-2018_Equipe2' :
$ python3 src/main.py --rec data/recepteur.pdb --lig data/ligand.pdb -s 128 -r 1.1 -t 1.1 -p -15 -d 1 --pas 12

Le programme a besoin de 8 paramètres pour fonctionner :
    - le lien vers le fichier pdb du récepteur (--rec)
    - le lien vers le fichier pdb du ligand (--lig)
    - on précise la taille de la grille (-s)
    - Rayon définissant les noeuds à l'intérieur de la protéine (-r)
    - Rayon définissant les noeuds à la surface de la protéine (-t)
    - Rho, valeur associé aux noeuds à l'intérieur du récepteur (-p)
    - delta, valeur associé aux noeuds à l'intérieur du ligand (-d)
    - Pas de rotation en degré (--pas)

Le programme est organisé selon les différents fichiers :
    - 'Main.py' : corps principal du programme
    - 'Molecule.py' : classe correspondant à l'import d'une protéine, à son écriture, et son traitement
    - 'fastFourierTransform.py' : ensemble de fonction regroupant les calculs de la transformée de fourier (conjugué, transformée, inverse) et ses représentations graphiques.
    - 'tool.py' : Fonctions diverses (récupération et traitement des arguments, affichage diverses...)