fix(registry): 为 Hono Context 声明 AuthVariables 类型，消除 genes API 的 Type…

docs/pr-cccc-branch.md

@@ -0,0 +1,56 @@
+# cccc 分支 PR 描述（合并时请复制到 GitHub PR 正文）
+
+---
+
+在 GitHub 创建 PR 时，将下方「PR 正文」整段复制到描述框。PR 合并后，正文中的 6 个 `Closes #N` 会使对应 Issue 自动关闭。
+
+---
+
+## PR 正文（复制以下内容）
+
+### 概述
+
+本 PR 包含 Web 端错误态与 emoji 替换、Python SDK 最小可用实现、Registry Context 类型修复等改动。
+
+Closes #4
+Closes #5
+Closes #6
+Closes #7
+Closes #8
+Closes #9
+
+### 关联的 Issues（[GeneHub Issues](https://github.com/NoDeskAI/genehub/issues)，合并后将自动关闭）
+
+| Issue | 标题 |
+|-------|------|
+| #9 | [sdk] Python SDK 初始化实现 |
+| #8 | [web] 版本历史加载失败静默吞错 + 违规使用 emoji |
+| #7 | [cli] 实现 genehub info 命令，查看单个基因详情 |
+| #6 | [cli] search 命令未接入联邦搜索，无法搜到外部基因源 |
+| #5 | [sdk] Nanobot Adapter 缺少测试覆盖，config.nanobot 配置注入未实现 |
+| #4 | [registry] 删除基因/基因组/模板时 Gitea 仓库清理失败不抛错，导致数据不一致 |
+
+### 主要变更
+
+**Web（packages/web）**
+- 列表/版本历史加载失败时展示错误提示；列表失败时重置 totalPages / federatedSources
+- 详情页 slug 变化时清空 error 与数据，避免一直显示错误页
+- 剩余 emoji 替换为 Lucide 图标（Home 分类、GenomeBrowse 空态、CategoryNav 等）
+
+**Python SDK（packages/sdk/python）**
+- 新增 GeneHubClient、GeneAdapter、GenericAdapter、LearningEngine（最小可用）
+- 按 Copilot 评论修正：URL 编码、JSON 异常处理、GeneManifest 类型、safe_dump、时间戳、非 JSON 响应测试
+
+**Registry（packages/registry）**
+- 为 Hono Context 声明 AuthVariables 类型，消除 genes API 等处的 TypeScript 报错
+
+**文档**
+- architecture.md、README、AGENTS.md 等补充/更新 Python SDK 与目录结构
+- docs/pr-registry-context-types.md、docs/pr-cccc-branch.md（本 PR 说明）
+
+### Test plan
+
+- `pnpm build`、`pnpm test` 全量通过
+- Web：本地 `pnpm dev` 验证列表/详情错误态与分类图标
+- Python SDK：`cd packages/sdk/python && uv run pytest tests/ -v`
+- Registry：本地启动后调用需鉴权接口验证行为不变

docs/pr-registry-context-types.md

@@ -0,0 +1,25 @@
+# fix(registry): 为 Hono Context 声明 Auth 变量类型，消除 genes 等 API 的 TypeScript 报错
+
+## Summary
+
+- 修复 Registry 中 `packages/registry/src/api/genes.ts` 等文件因 Hono Context 未声明 `authRole` / `publisherId` / `githubLogin` 导致的 TypeScript 报错（`c.get('authRole')` 等被判定为非法）。
+- 在 auth 中间件中导出 `AuthVariables` 类型，并在主 App 与 genes 路由上使用 `Hono<{ Variables: AuthVariables }>`，使类型与运行时行为一致。
+
+## Changes
+
+| 文件 | 变更 |
+|------|------|
+| `packages/registry/src/middleware/auth.ts` | 新增并导出 `AuthVariables` 类型（authRole、publisherId、githubLogin） |
+| `packages/registry/src/app.ts` | 使用 `new Hono<{ Variables: AuthVariables }>()` 创建 App |
+| `packages/registry/src/api/genes.ts` | 使用 `new Hono<{ Variables: AuthVariables }>()` 创建 genesRouter |
+
+## Impact
+
+- **运行时**：无行为变化，auth 中间件原本就会注入上述变量。
+- **构建 / CI**：带类型检查的构建与 `tsc` 可通过。
+- **开发体验**：IDE 中相关类型错误与红色波浪线消失。
+
+## Test plan
+
+- 在 `packages/registry` 下执行 `pnpm build` 与 `pnpm test`，确认通过。
+- 本地 `pnpm dev` 启动 Registry，调用需鉴权或 optionalAuth 的接口（如 `GET /api/v1/genes?review_status=...`），确认行为与修改前一致。

packages/registry/src/api/genes.ts

@@ -1,10 +1,11 @@
 import { Hono } from 'hono';
+import type { AuthVariables } from '../middleware/auth.js';
 import { optionalAuth, requireAuth } from '../middleware/auth.js';
 import { paginated, success } from '../middleware/response.js';
 import { federatedSearch } from '../services/federated-search.js';
 import * as geneService from '../services/gene-service.js';
 
-export const genesRouter = new Hono();
+export const genesRouter = new Hono<{ Variables: AuthVariables }>();
 
 genesRouter.get('/search', async (c) => {
   const q = c.req.query('q') ?? '';

packages/registry/src/app.ts

@@ -15,9 +15,10 @@ import { syncRouter } from './api/sync.js';
 import { templatesRouter } from './api/templates.js';
 import { webhooksRouter } from './api/webhooks.js';
 import { handleMcpRequest } from './mcp/http.js';
+import type { AuthVariables } from './middleware/auth.js';
 import { errorHandler } from './middleware/error-handler.js';
 
-export const app = new Hono();
+export const app = new Hono<{ Variables: AuthVariables }>();
 
 let healthOkCount = 0;
 app.use('*', async (c, next) => {

packages/registry/src/middleware/auth.ts

@@ -10,6 +10,13 @@ const { apiKeys, publishers } = schema;
 
 export type AuthRole = 'public' | 'publisher' | 'admin';
 
+/** Hono Context 上由 auth 中间件注入的变量，需在 App/Router 的 Variables 中声明。 */
+export type AuthVariables = {
+  authRole?: AuthRole;
+  publisherId?: string;
+  githubLogin?: string;
+};
+
 const ADMIN_TOKEN = process.env.GENEHUB_ADMIN_TOKEN ?? 'admin-dev-token';
 const JWT_SECRET = process.env.GENEHUB_JWT_SECRET ?? 'genehub-dev-jwt-secret';
 const COOKIE_NAME = 'ghb_session';