HW4 Shtompel by anshtompel · Pull Request #23 · Python-BI-2023/HW4_Functions2

anshtompel · 2023-10-01T09:52:38Z

No description provided.

Add README.md file and a part of protein_tools.py file.

Delete a unnecessary string in the list of global variables.

nvaulin

Привет!

❗️ Напоминание напомнить всем членам команды посмотреть фидбек.

Очень хорошая работа)

Понравились ваши идеи по работе с белками. Что-то совсем простое конечно, но есть прям креативные
Хороший README, но не хватило каких-нибудь примеров запуска которые можно прям скопировать и вставить. Когда используешь какую-то левую библиотеку всегда удобно на таких примерах проверить что у тебя все работает как надо. Инфа такая у вас конечно есть, но люди ленивые. Вот прям чтобы отдельно кодом вызов который можно скопировать и вставить.
Сообщения коммитов ок, но струткура не везде отличная. Где-то есть что прям куча всего одним коммитом добавлено. Это не оч хорошо.
По формату вывода написал еще ниже, что возможно стоило бы сделать словарем. Как минимум, если 1 белок на входе, то лучше вернуть 1 число/... (а не список из 1 числа)
Были какие то минорные замечания по оформлению. В целом все хорошо.
По структуре были функции с несколько похожим функционалом. В таком случае удобно делать одну внутренню функцию которая достает статистику в каком то очень подробном но неудобном виде. А потом эти функции лишь забирают из этой статистики то что им нужно

Баллы:

README 2.4/2.5
Операции работают, 5*1.5 = 7.5/7.5 (оценивал 5 лучших, т к в задании требовалось только 5)
За формат ввода и вывода -0.1
За некоторые избыточности в логике кода: -0.3
Итого: 9.5

Спасибо!

nvaulin · 2023-10-04T15:46:14Z

Зачем-ж вы с ним так:)

nvaulin · 2023-10-04T15:47:53Z

@@ -0,0 +1,50 @@
+# Protein_tools


Приятный хороший README! Вы все что нужно в целом расписали. Единственное, хорошо когда есть прям пример использования. Строчка кода которую можно прям сразу скопировать, вставить, и посмотреть какой будет вывод (и сравнить с тем что написано в README). Этого немного не хватает:)

nvaulin · 2023-10-04T15:50:18Z

+### Limitations and troubleshooting
+**Protein_tools** has several limitations that can raise the errors in the work of the program. Here are some of them:
+1. **Protein_Tools** works only with protein sequences that contains letters of Latin alphabet (the case is not important); also every aminoacid should be coded by one letter. If there are other symbols in the sequence, the tool raise `ValueError` *"One of these sequences is not protein sequence or does not match the rools of input. Please select another sequence."*. In this case you should check if there are punctuation marks, spaces or some other symbols in your sequence.
+2. Be careful to work only with the sequences that contain aminoacids that coded with one letter. If your sequense is "SerMetAlaGly", **Protein_tools** reads it as "SERMETALAGLY".


Очень хорошее замечение! Было бы здорово в версии 2.0 ввести поодержку трехбуквенной кодировки (полушутка).
Но, ведь правда, мне кажется сходну почти все помнят 3буквенную и не всё помнят из 1буквенной

nvaulin · 2023-10-04T15:50:32Z

+1. **Protein_Tools** works only with protein sequences that contains letters of Latin alphabet (the case is not important); also every aminoacid should be coded by one letter. If there are other symbols in the sequence, the tool raise `ValueError` *"One of these sequences is not protein sequence or does not match the rools of input. Please select another sequence."*. In this case you should check if there are punctuation marks, spaces or some other symbols in your sequence.
+2. Be careful to work only with the sequences that contain aminoacids that coded with one letter. If your sequense is "SerMetAlaGly", **Protein_tools** reads it as "SERMETALAGLY".
+3. The list of available functions is available in section "Options". If you see `ValueError` *"This procedure is not available. Please choose another procedure."*, probably your spelling of the name of function is incorrect. Please check the name of chosen prosedure and make sure that it is available in the **Protein_Tools**.
+


nvaulin · 2023-10-04T15:50:53Z

Ну это тут наверное не нужно

nvaulin · 2023-10-04T16:44:36Z

+             'count_charge': count_charge}
+
+
+def protein_tools(*args: str) -> list:


Suggested change

def protein_tools(*args: str) -> list:

def run_protein_tools(*args: str) -> list:

nvaulin · 2023-10-04T16:44:51Z

+
+
+def protein_tools(*args: str) -> list:
+    """


йо-о, прям мощная докстринга!

nvaulin · 2023-10-04T16:45:56Z

+    operation = args[-1]
+    parsed_seq_list = []
+    for seq in args[0:-1]:


Лучше по другому сделайте аргументы. То как было в ДЗ 3 н самом деле не очень удобно. Пусть белки принимаются либо позиционно либо даже одним списком, а вот операция будет именованным. Чтобы это все было не в одной куче, а отдельно.

nvaulin · 2023-10-04T16:46:27Z

+        if not is_protein(seq):
+            raise ValueError("One of these sequences is not protein sequence or does not match the rools of input. Please select another sequence.")


Вот это красиво выглядит:)

nvaulin · 2023-10-04T16:47:11Z

+                parsed_seq_list.append(OPERATIONS[operation](seq))
+            else:
+                raise ValueError("This procedure is not available. Please choose another procedure.")
+    return parsed_seq_list


Можно кстати тут возвращать не список, а словарь. Ключ - это белок из ввода, а значение - это результат работы программы. Но это чисто как идея, и так тоже хорошо

Анастасия Штомпель and others added 12 commits October 1, 2023 00:25

create operation functions

7d942f7

Add README.md file and a part of protein_tools.py file.

2eb2ff2

Merge pull request #1 from e-chevokina/main

f3f7002

Add README.md file and a part of protein_tools.py file.

Update README.md

9125a08

modify HW4 directory

380cee3

Delete hw4_python.py

81b386f

Delete external README.md

4fc5771

add new functions, check for mistakes

0aae778

update docstring protein_tools

9d4123f

Update README.md

dc34a87

Update protein_tools.py

7c346f2

Update protein_tools.py

ec74fd9

Delete a unnecessary string in the list of global variables.

nvaulin reviewed Oct 4, 2023

View reviewed changes

Provide feedback

Saved searches

Use saved searches to filter your results more quickly

HW4 Shtompel#23

HW4 Shtompel#23
anshtompel wants to merge 12 commits into
Python-BI-2023:mainfrom
anshtompel:HW4_Shtompel

anshtompel commented Oct 1, 2023

Uh oh!

nvaulin left a comment

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

nvaulin Oct 4, 2023

Uh oh!

Reviewers

Assignees

Labels

Projects

Milestone

Development

Uh oh!

3 participants

		'count_charge': count_charge}


		def protein_tools(*args: str) -> list:

	def protein_tools(*args: str) -> list:
	def run_protein_tools(*args: str) -> list:

		if not is_protein(seq):
		raise ValueError("One of these sequences is not protein sequence or does not match the rools of input. Please select another sequence.")

Conversation

anshtompel commented Oct 1, 2023

Uh oh!

nvaulin left a comment

Choose a reason for hiding this comment

Баллы:

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Choose a reason for hiding this comment

Uh oh!

Reviewers

Assignees

Labels

Projects

Milestone

Development

Uh oh!

3 participants