这个仓库用于管理一组从 Markdown 指南整理出来的 Codex skills。
设计目标很简单：
source-notes/保留源 Markdown 文件，方便继续维护工作流正文。skills/保存可以安装到 Codex 的 skill 包。manifests/skills.json维护源文件名、展示名、调用名、skill 目录和功能分类。scripts/提供同步、安装、导出和检查脚本，方便本地维护并上传 GitHub。
codex-skills-workbench/
source-notes/ # 源 Markdown 指南
skills/ # 可安装到 <codex-skills-root> 的 skill 包
manifests/skills.json # 统一映射表和分类信息
scripts/ # 本地维护脚本
docs/ # 维护说明
这个仓库按公开模板维护。source-notes/ 和 skills/*/references/source-note.md 中只保留通用工作流、输入占位符和路径占位符，不包含身份标识、机器盘符、旧项目目录或非公开数据文件名。
更多说明见 docs/public-template.md。
完整分类说明见 docs/skill-categories.md。
| Skill | 调用名 | 什么时候用 |
|---|---|---|
| Shell Choice Guide | $shell-choice-guide |
判断 Windows、Git、R/Python、文件操作或桌面自动化任务该用哪个 shell。 |
| R Python Runtime Guide | $r-python-runtime-guide |
发现和调用 R/Python 运行时，避免写死机器路径。 |
| Method Transfer Guide | $method-transfer-guide |
把一个方法、作图模式或自动化流程安全迁移到新项目。 |
| Skill | 调用名 | 什么时候用 |
|---|---|---|
| PPT Production Guide | $ppt-production-guide |
生成 PowerPoint、构建自定义图墙，并先询问是否要打开 PowerPoint 桌面版显示逐步生成过程。 |
| Literature Synthesis | $literature-synthesis-guide |
把文献整理成证据表、主题综合或可引用的叙述性总结。 |
| Master Thesis Studio Skill | $master-thesis-studio-skill |
写作和生成中文硕士论文 Word 项目，支持显式调用、自选模板、图表、公式、参考文献和反解析。 |
| Skill | 调用名 | 什么时候用 |
|---|---|---|
| Keyword Literature Download | $keyword-literature-download |
按关键词检索学术数据库，下载合法开放 PDF，缓存 HTML/XML 辅助文件，并对 PDF 去重。 |
| Skill | 调用名 | 什么时候用 |
|---|---|---|
| Plotting Tool Selection | $plotting-tool-selection |
判断图该用 R、Python、PowerPoint、矢量工具还是表格软件。 |
| ggplot2 Richtext Fixes | $ggplot2-richtext-fixes |
修复 ggplot2 上标、下标、富文本、特殊符号和导出渲染问题。 |
| R Scatter Plot Spec | $r-scatter-plot-spec |
做可复现的 R 散点图，包括回归、分组、导出和统计结果。 |
| Trait Environment Scatterplots | $trait-environment-scatterplots |
做性状-环境、响应-预测变量或分组散点图，并配套模型解释。 |
| Significance Group Scatter | $significance-group-scatter |
在分组散点图里强调有统计支持的组，同时保留其他组作背景。 |
| Raincloud Plot Guide | $raincloud-plot-guide |
做雨云图，组合分布、原始点、区间和摘要统计。 |
| Weighted Regression Plot | $weighted-regression-plot |
做加权回归图，处理权重含义、不确定性和视觉编码。 |
| Skill | 调用名 | 什么时候用 |
|---|---|---|
| Weighted Data Pipeline | $weighted-data-pipeline |
从清洗、合并、权重计算到模型和图表的完整加权数据流程。 |
| Skill | 调用名 | 什么时候用 |
|---|---|---|
| Hypervolume Workflow | $hypervolume-workflow |
做生态位、性状空间、hypervolume、重叠或质心距离分析。 |
| Phylogeny Workflow | $phylogeny-workflow |
匹配性状数据和系统发育树，修剪树、画树或做比较分析。 |
调用名：$shell-choice-guide
这个 skill 用来判断在 Windows 或跨平台项目中应该使用哪一种命令环境。它会根据任务类型选择 PowerShell、Git Bash、WSL 或其他 shell，例如文件操作、Git 命令、R/Python 脚本、.ps1 脚本和 PowerPoint COM 自动化。它特别强调路径安全：遇到空格、中文、括号、方括号、& 等特殊字符时，要使用合适的引用方式和 PowerShell 的 -LiteralPath。
调用名：$r-python-runtime-guide
这个 skill 用来规范 R 和 Python 的运行环境发现与调用方式。它不会假设某台机器上的固定解释器路径，而是先检查当前项目里可用的 Rscript、python、uv、虚拟环境或包管理工具，再生成可复现的运行命令。适合需要在不同电脑、不同项目或不同 shell 中稳定运行 R/Python 分析脚本的场景。
调用名：$method-transfer-guide
这个 skill 用于把一个已有项目中的分析方法、作图风格或自动化流程迁移到另一个项目。它的核心原则是迁移“方法逻辑”，而不是复制旧路径、旧变量名和旧数据假设。它会提醒使用者检查源方法中的变量、单位、分组、阈值、输出结构，再把这些假设映射到新项目中，并先用小样本测试。
调用名：$ppt-production-guide
这个 skill 用于生成和维护 PowerPoint 演示文稿。它支持普通幻灯片、图表汇报页、自定义图片墙、重复图墙页、标题和注释说明。图片墙不固定为 2 行 3 列，而是允许用户自定义行数、列数、边距、间距、适配方式、重复次数和说明文字。做 PPT 前，它会先询问用户是否要打开 PowerPoint 桌面版并可见地显示逐页生成过程；如果用户需要，就使用 PowerShell 控制 PowerPoint COM，让用户看到图片和页面被一步步插入。
调用名：$literature-synthesis-guide
这个 skill 用于文献总结和证据综合。它会先明确研究问题、文献范围、纳入排除标准和输出格式，然后从文献中提取研究对象、方法、样本量、变量、主要结果和局限。输出可以是证据表、主题归纳、研究空白、可引用段落或报告提纲。它强调所有结论都要能追溯到具体文献，不凭空编造引用。
调用名：$master-thesis-studio-skill
这个 skill 用于中文硕士论文写作、章节管理和 Word .docx 自动生成。它只在用户显式写出 $master-thesis-studio-skill，或明确说明要使用 Master Thesis Studio 时启用，不会因为普通论文写作或 Word 排版请求而自动触发。它会先确认题目、学科方向、研究对象、已有资产、写作模式和真实性边界，再初始化独立论文项目目录。
它保留论文生成的完整执行链路：使用 Markdown 管理章节正文，用 [[FIG:...]]、[[TBL:...]]、[[EQ:...]]、[[SYM:...]]、[[REF:n]] 等占位符管理图、表、公式和引用；再把 Word 模板转换为 Flat OPC XML，写回正文结构并生成新的 .docx。默认模板是 examples/Template.docx，也可以通过 --template <user_template.docx> 使用用户自己的 .docx 或 .dotx 模板。更详细说明见 skills/master-thesis-studio-skill/README.md。
调用名：$keyword-literature-download
这个 skill 用于围绕任意关键词批量检索学术文献，并尽可能下载当前网络环境中可合法访问的 PDF。它会调用 PubMed/PMC、Europe PMC、Crossref 和 OpenAlex，先生成不预先去重的候选文献表，再根据关键词命中、文献类型、开放访问状态等信息给记录排序，随后并发下载 PDF。下载不到 PDF 但能访问 HTML/XML 时，它会把这些辅助文件放入单独缓存目录，后续再尝试从网页里追踪 PDF 链接；PDF 输出目录始终只保存通过 PDF 签名检查的 .pdf 文件。
基本使用方法：
- 进入
skills/keyword-literature-download/目录。 - 复制
references/config_template.json为自己的配置文件，例如my_topic_config.json。 - 修改配置中的
queries、include_terms、secondary_terms和exclude_terms。 - 启动新任务：
python .\scripts\run_keyword_harvest_no_dedup.py `
--output-root ".\runs" `
--config ".\my_topic_config.json" `
--run-name "my_topic_001" `
--pdf-output-dir ".\pdfs\my_topic" `
--download-workers 8- 中断后续跑、HTML 二次追 PDF、去重：
python .\scripts\continue_download_and_dedup.py `
--run-root ".\runs\my_topic_001" `
--retry-failed常见输出包括 keyword_research_candidate_table.csv、高/中优先级候选表、下载日志、HTML 二次追踪日志、keyword_research_dedup_manifest.csv 和去重后的 PDF 文件夹。更详细的中文说明见 skills/keyword-literature-download/README.md。这个 skill 只下载合法开放访问文件，不绕过付费墙；访问失败、断链、限流和超时都会保留在日志中。
调用名：$plotting-tool-selection
这个 skill 用来判断一张图应该用什么工具做。统计建模和 tidy 数据图通常优先 R；自动化、图像处理或机器学习流程中的图可以优先 Python；以幻灯片排版为主的内容可以用 PowerPoint；最终精修可交给矢量工具。它适合在动手作图前做路线选择，避免把所有图都强行塞进同一个工具。
调用名：$ggplot2-richtext-fixes
这个 skill 专门处理 ggplot2 中的文字渲染问题，例如上标、下标、数学表达式、单位符号、斜体物种名、HTML/Markdown 标签、图例标签和分面标题。它会帮助判断应该使用 expression()、bquote()、普通 Unicode，还是 ggtext::element_markdown() / geom_richtext()。它也提醒用户导出设备会影响最终效果，所以批量出图前要先导出小图测试。
调用名：$r-scatter-plot-spec
这个 skill 是可复现 R 散点图的基础规范。它覆盖数据读取、编码、变量检查、缺失值处理、异常值检查、分组样本量、回归线、统计表和图像导出。适合需要稳定批量生成散点图、回归图或分组对比图的场景。它强调图和统计结果应该一起输出，而不是只给一张图片。
调用名：$trait-environment-scatterplots
这个 skill 用于性状-环境、响应变量-预测变量或分组散点图，不限定于 pH。它会先检查响应变量、预测变量、分组层级、缺失值、异常值和样本量，再选择 pooled regression、grouped regression、mixed model、weighted model、robust model 或非参数平滑。它适合科研作图中需要同时展示原始点、分组、拟合趋势、不确定性和简短解释的场景。
调用名：$significance-group-scatter
这个 skill 用于“分组散点图 + 显著性强调”。它不会简单地隐藏不显著组，而是保留所有组作为背景，再用颜色、线宽、透明度、标签等方式强调统计支持更强的组。它要求同时输出效应量、不确定性、p 值或置信区间、样本量，并说明显著性判断标准。适合需要讲清楚“哪些组有关系，哪些组只是背景”的图。
调用名：$raincloud-plot-guide
这个 skill 用于制作雨云图，也就是把分布形状、原始观测点、箱线图或区间、均值/中位数等信息组合到一张图里。它会先检查分组样本量、缺失值、是否需要转换或标准化，再决定半眼图、抖动点、箱线图和摘要统计的组合方式。适合展示组间分布差异，而不是只展示均值柱状图。
调用名：$weighted-regression-plot
这个 skill 用于加权回归图。它会先确认权重变量代表什么、尺度是否合理、是否存在零权重或负权重，再比较加权模型和必要时的非加权模型。图形上可以使用点大小、透明度、颜色、形状和趋势线表达权重与分组信息。它强调解释时要说清楚“权重越大代表什么”，并避免把相关关系直接解释成因果关系。
调用名：$weighted-data-pipeline
这个 skill 用于完整的加权数据分析流程，而不只是画一张图。它包括建立输入输出清单、去重、变量清理、编码和单位检查、中间指标计算、表格合并、权重提取或计算、加权模型、最终图表和可复现日志。适合多文件、多步骤、多中间结果的分析项目，尤其适合需要把数据处理过程讲清楚、留痕和复用的场景。
调用名：$hypervolume-workflow
这个 skill 用于生态位、性状空间或 hypervolume 分析。它会先检查分析单元、变量、分组、缺失值、单位和样本量，再选择 kernel hypervolume、convex hull、PCA/ordination 空间或其他生态位度量方法。典型输出包括清洗后的数据、参数记录、体积或生态位指标、重叠矩阵、质心距离、诊断图和主结果图。它强调结果要结合研究设计解释，不能把体积大小简单理解成绝对好坏。
调用名：$phylogeny-workflow
这个 skill 用于系统发育树相关分析。它会帮助读取树文件，标准化树和性状表中的分类单元名称，报告树中有但数据中没有的物种，以及数据中有但树中没有的物种。之后可以进行剪枝、匹配、系统发育树可视化、性状映射、系统发育信号或比较分析。典型输出包括匹配报告、剪枝后的树、匹配后的性状表、结果图和可复现记录。
- 修改
source-notes/里的源 Markdown。 - 同步源 Markdown 到对应 skill：
powershell -ExecutionPolicy Bypass -File .\scripts\sync-source-to-skills.ps1- 检查仓库结构：
powershell -ExecutionPolicy Bypass -File .\scripts\validate-repo.ps1- 安装到本地 Codex skills 目录：
powershell -ExecutionPolicy Bypass -File .\scripts\install-local-skills.ps1 -ForceInstall如果以后想改源文件名：
- 直接重命名
source-notes/中的 Markdown 文件。 - 修改
manifests/skills.json中对应条目的sourceFile。 - 运行：
powershell -ExecutionPolicy Bypass -File .\scripts\sync-source-to-skills.ps1
powershell -ExecutionPolicy Bypass -File .\scripts\validate-repo.ps1实际 Codex 调用名由 skillDir / skillName 控制，不会因为源文件名变化而变化。
更详细的步骤见 docs/github-upload.md。
首次推送时可以在这个目录里运行：
git add .
git commit -m "Add Codex skills workbench"
git branch -M main
git remote add origin https://github.com/<account>/<repo>.git
git push -u origin main