Open Literature Push

一个可开源、可部署的网站版个性化文献推送系统。项目默认面向细胞生物学研0学生，使用 PubMed 官方 E-utilities 检索近期论文，按个人关键词偏好打分排序，并支持 Markdown 日报、命令行定时任务和邮件推送。

功能

• 网站表单：在线调整检索式、关键词权重、检索天数和推送篇数。
• PubMed 检索：不依赖爬虫，使用官方接口。
• 个性化排序：核心词加权、扩展词加权、低价值词降权。
• Markdown 导出：适合保存、发给导师或同步到知识库。
• 本地定时：Windows 计划任务脚本。
• 邮件推送：支持 SMTP，可选开启。
• 开源部署：内置 Flask、Gunicorn、Render 配置。

快速开始

运行网站

安装依赖：

pip install -r requirements.txt

启动网站：

python app.py

浏览器打开：

http://127.0.0.1:5000

Windows 也可以直接双击 start_web.bat，或在 PowerShell 运行：

.\start_web.ps1

使用网站时请保持启动窗口不要关闭；关闭窗口后网站也会停止。

运行命令行定时推送

1. 复制配置：

Copy-Item config.example.toml config.toml

2. 编辑 config.toml：

• search.pubmed_query：改成你当前课题最相关的关键词。
• ranking.must_have / nice_to_have：决定排序偏好。
• email.enabled：需要邮件推送时改为 true 并填写 SMTP。

3. 试运行：

python literature_push.py --config config.toml --dry-run

报告会生成在 reports/。

4. 注册每天定时任务：

.\schedule_windows.ps1 -Time "08:30"

部署到网站

Vercel

项目已包含 Vercel 部署入口：

• api/index.py：Vercel Python Serverless 入口
• vercel.json：路由和 Cron 配置
• /api/cron/push：定时推送入口

Hobby 计划下建议不要使用 Vercel Cron 做每小时任务。项目改为：

• Vercel：部署网站和 /api/cron/push 推送接口
• GitHub Actions：每小时调用一次 /api/cron/push

.github/workflows/cron-push.yml 中的计划任务：

schedule:
  - cron: "0 * * * *"

系统不会每小时都给用户发邮件，而是由每个订阅自己的设置决定是否到点发送。用户可以设置：

• 每天
• 工作日
• 每周
• 暂停
• 推送时间，按 Asia/Shanghai 解释

如果用户设置 08:30，由于 Cron 每小时触发，通常会在 09:00 这一轮补发，不会在 08:00 提前发送。

GitHub Actions 定时推送配置

在 GitHub 仓库 Settings → Secrets and variables → Actions 中添加：

Repository secret:

SCIPUSH_CRON_SECRET=和 Vercel 环境变量 CRON_SECRET 完全相同的值

Repository variable:

SCIPUSH_CRON_URL=https://scipush.vercel.app/api/cron/push

也可以在 Actions 页面手动运行 Scheduled literature push，用于立即测试定时入口。

1. 配置数据库

本地开发默认使用 SQLite；Vercel 生产环境必须使用持久数据库。推荐在 Vercel Marketplace 添加 Neon/Postgres，并获得：

DATABASE_URL

如果没有 DATABASE_URL，订阅和去重数据无法在 Vercel Serverless 环境中长期保存。

2. 配置环境变量

在 Vercel Project Settings → Environment Variables 中添加：

DATABASE_URL=你的 Neon/Postgres 连接串
SMTP_HOST=smtp.163.com
SMTP_PORT=465
SMTP_USE_SSL=true
SMTP_USERNAME=scipush@163.com
SMTP_PASSWORD=你的 SMTP 授权码
SMTP_FROM=scipush@163.com
PUBLIC_BASE_URL=https://你的-vercel-域名
SECRET_KEY=生成一个长随机字符串，用于登录会话
CRON_SECRET=生成一个长随机字符串

SMTP_PASSWORD 和 CRON_SECRET 不要提交到 GitHub。

3. 导入 GitHub 仓库

1. 把代码推送到 GitHub。
2. 打开 Vercel Dashboard，选择 Add New → Project。
3. 导入 GitHub 仓库 VidsHidden/scipush。
4. Framework Preset 选择 Other。
5. 部署后，把 PUBLIC_BASE_URL 改成 Vercel 分配的正式域名。

4. 本地 Vercel CLI 可选流程

npm i -g vercel
vercel login
vercel
vercel --prod

Render

1. 把项目推送到 GitHub。
2. 打开 Render，选择 New Web Service。
3. 连接 GitHub 仓库。
4. Render 会读取 render.yaml，使用：

Build Command: pip install -r requirements.txt
Start Command: gunicorn app:app

5. 部署完成后即可通过 Render 分配的域名访问。

其他平台

只要平台支持 Python Web 服务即可：

pip install -r requirements.txt
gunicorn app:app

本项目也可以部署到 Railway、Fly.io、VPS、学校服务器或 Docker 化后部署。

Docker

docker build -t open-literature-push .
docker run -p 8000:8000 open-literature-push

访问：

http://127.0.0.1:8000

开源发布建议

建议创建 GitHub 仓库后补充：

• 仓库名称：open-literature-push
• 项目简介：Personalized PubMed literature push for biology students and labs
• License：MIT
• Topics：pubmed, literature-review, flask, biology, open-source

不要提交个人配置和邮箱授权码；.gitignore 已排除 config.toml、数据库、报告和日志。

推送机制

网站本身负责保存订阅条件，真正的推送由 push_worker.py 定时执行：

1. 读取 data/subscriptions.sqlite3 中的订阅。
2. 按每个订阅的研究领域、关键词、文章体裁和期刊筛选检索 PubMed。
3. 按个性化规则打分排序。
4. 用订阅级别的去重表过滤已经推送过的 PMID。
5. 通过 SMTP 发送邮件，并在邮件底部附带退订链接。

在网站中保存订阅

启动网站后，填写检索条件和“推送邮箱”，点击“保存推送订阅”。

配置 SMTP

push_worker.py 使用环境变量读取邮件配置：

[Environment]::SetEnvironmentVariable("SMTP_HOST", "smtp.example.com", "User")
[Environment]::SetEnvironmentVariable("SMTP_PORT", "587", "User")
[Environment]::SetEnvironmentVariable("SMTP_USERNAME", "your_email@example.com", "User")
[Environment]::SetEnvironmentVariable("SMTP_PASSWORD", "你的SMTP授权码", "User")
[Environment]::SetEnvironmentVariable("SMTP_FROM", "your_email@example.com", "User")
[Environment]::SetEnvironmentVariable("PUBLIC_BASE_URL", "http://127.0.0.1:5000", "User")

设置后重新打开 PowerShell。

免费试水 AI 翻译

默认 AI provider 是 Gemini。先在 .env 里加入：

AI_TRANSLATION_PROVIDER=gemini
AI_TRANSLATION_MODEL=gemini-2.5-flash-lite
AI_TRANSLATION_API_KEY=你的 Gemini API Key
AI_TRANSLATION_ENABLED=true

AI_SUMMARY_PROVIDER=gemini
AI_SUMMARY_MODEL=gemini-2.5-flash-lite
AI_SUMMARY_API_KEY=你的 Gemini API Key
AI_PUSH_SUMMARY_ENABLED=false

保存订阅时可选择目标语言，并勾选“双语标题和摘要”。系统会缓存每篇 PMID 的译文；API 不可用时仍会发送英文原文。若要试用推送小结，把订阅中的“生成 AI 推送小结”勾上，并将 AI_PUSH_SUMMARY_ENABLED=true。

如果翻译和小结暂时共用同一个 API，也可以继续使用旧变量作为 fallback：

AI_PROVIDER=gemini
AI_MODEL=gemini-2.5-flash-lite
AI_API_KEY=你的 Gemini API Key

接入 DeepSeek

DeepSeek 兼容 OpenAI Chat Completions。可以只把小结切到 DeepSeek：

AI_SUMMARY_PROVIDER=deepseek
AI_SUMMARY_MODEL=deepseek-v4-flash
AI_SUMMARY_API_KEY=你的 DeepSeek API Key
AI_SUMMARY_BASE_URL=https://api.deepseek.com
AI_PUSH_SUMMARY_ENABLED=true

也可以把翻译切到 DeepSeek：

AI_TRANSLATION_PROVIDER=deepseek
AI_TRANSLATION_MODEL=deepseek-v4-flash
AI_TRANSLATION_API_KEY=你的 DeepSeek API Key
AI_TRANSLATION_BASE_URL=https://api.deepseek.com
AI_TRANSLATION_ENABLED=true

AI_*_BASE_URL 对 DeepSeek 可省略，默认就是 https://api.deepseek.com。如果两个功能共用同一个 DeepSeek Key，也可以只设置一次：

DEEPSEEK_API_KEY=你的 DeepSeek API Key

手动测试推送

python push_worker.py --dry-run

真实发送：

python push_worker.py

登录后也可以在“我的订阅”中点击“立即测试推送”。测试推送会发送当前订阅匹配结果，但不会写入正式去重记录，不影响下一次正常定时推送。

预览邮件样式

生成本地 HTML demo，不发送邮件：

python demo_email.py

打开：

reports/email_demo.html

网站运行时也可以访问：

http://127.0.0.1:5000/email-demo

每天定时推送

.\schedule_push_worker.ps1 -Time "08:30"

旧版单配置邮件推送

如果使用邮箱 SMTP，把 config.toml 的 [email] 填好，并设置邮箱授权码环境变量：

[Environment]::SetEnvironmentVariable("LIT_PUSH_EMAIL_PASSWORD", "你的SMTP授权码", "User")

之后重新打开 PowerShell 或重启电脑，让环境变量生效。

个性化建议

当前默认配置参考了你的背景和课题组网页公开方向，偏向：

• 细胞生物学机制
• 免疫与炎症
• 单细胞/空间组学
• 系统生物学与生物信息
• 疾病、治疗和标志物相关研究

当你明确进入具体课题后，建议把默认词替换为更窄的组合。例如：

(autophagy OR lysosome OR mitochondria) AND (immune OR inflammation) AND single-cell

或：

(tumor microenvironment OR macrophage OR T cell) AND (spatial transcriptomics OR single-cell)

输出与去重

• 报告：reports/literature_push_YYYYMMDD_HHMMSS.md
• 去重数据库：data/literature_push.sqlite3

如果想从头重新推送，删除 data/literature_push.sqlite3 即可。

路线图

• 用户账号与个人配置保存
• 每日/每周邮件队列
• RSS 和 bioRxiv 支持
• LLM 摘要与中文解读
• Zotero / Notion / Obsidian 导出