Bioinfo Daily - OpenClaw Skill

📰 每日生物信息学与肿瘤学研究进展日报生成器

功能特点

• 🔍 自动搜索: 使用 PubMed API 搜索前一天新增文献（限定 cancer 相关）
• 📊 高影响力筛选: 仅筛选 CNS 及 Nature Index 期刊
• 🎯 精准分类: 生物信息学、肿瘤免疫、单细胞测序、空间转录组、临床进展
• 💡 中文亮点: 每篇文献 30 字左右中文亮点介绍
• 📝 智能摘要: 日报抬头自动生成精选文章 summary
• 🔥 智能优选: 文章多时会自动优选创新性强、方向有区分的文章（最多10篇）

安装

1. 安装到 OpenClaw

# 克隆仓库
git clone https://github.com/WangLabCSU/bioinfo-daily-skill.git

# 复制到 OpenClaw skills 目录
cp -r bioinfo-daily-skill ~/.openclaw/workspace/skills/bioinfo-daily

2. 配置 PubMed API（重要）

注意：API Key 不应硬编码在代码中，请使用环境变量配置

方式 1：OpenClaw 配置文件（推荐）

在 ~/.openclaw/openclaw.json 中添加：

{
  "env": {
    "NCBI_EMAIL": "your@email.com",
    "NCBI_API_KEY": "your_api_key"
  }
}

方式 2：环境变量

export NCBI_EMAIL="your@email.com"
export NCBI_API_KEY="your_api_key"

方式 3：.env 文件

在项目目录创建 .env 文件：

NCBI_EMAIL=your@email.com
NCBI_API_KEY=your_api_key

⚠️ 安全提示: .env 文件只放 NCBI 相关凭证，不要放其他无关的 secrets。该文件已在 .gitignore 中，不会提交到 Git。

获取 API Key: https://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2017/11/02/new-api-keys-for-the-e-utilities/

3. 设置定时任务

openclaw cron add \
  --name "生物信息学日报" \
  --cron "0 19 * * *" \
  --tz "Asia/Shanghai" \
  --channel feishu \
  --message "请运行 ~/.openclaw/workspace/skills/bioinfo-daily/scripts/pubmed_search.py 生成日报"

使用方法

手动生成日报

python3 ~/.openclaw/workspace/skills/bioinfo-daily/scripts/pubmed_search.py

查看定时任务

openclaw cron list

数据源

• PubMed API: https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils
• 搜索范围: Cancer 相关的生物信息学、肿瘤免疫、单细胞测序、空间转录组、临床进展
• 期刊筛选: CNS 主刊及子刊、Nature Index 期刊、其他高影响力期刊

输出格式

日报包含：

1. 📅 日期和精选文献 summary
2. 📚 每篇文献：标题、期刊、作者、中文亮点、链接
3. 🔥 创新性标记（评分>25的文章）
4. 📊 数据来源说明

项目结构

bioinfo-daily/
├── SKILL.md              # Skill 说明文档
├── README.md             # 项目说明
├── scripts/
│   ├── pubmed_search.py  # PubMed API 搜索脚本（主脚本）
│   └── search_bioinfo.py # 备用搜索脚本
└── LICENSE               # MIT 许可证

配置说明

高影响力期刊列表

脚本内置 50+ 高影响力期刊，包括：

• CNS 主刊: Nature, Science, Cell
• Nature 子刊: Nature Medicine, Nature Genetics, Nature Biotechnology 等
• Science 子刊: Science Translational Medicine, Science Immunology 等
• Cell 子刊: Cell Research, Cancer Cell, Immunity 等
• 其他: Lancet, JAMA, PNAS, Genome Research, Bioinformatics 等

搜索主题

SEARCH_TOPICS = [
    ("生物信息学 AND cancer", "🧬 生物信息学"),
    ("肿瘤免疫", "🦠 肿瘤免疫"),
    ("单细胞测序 AND cancer", "🔬 单细胞测序"),
    ("空间转录组 AND cancer", "🧪 空间转录组"),
    ("临床进展 AND cancer", "💊 临床进展"),
]

创新性评分算法

根据以下因素计算创新性得分：

• 期刊级别: Nature/Science/Cell (+30), PNAS/Lancet/JAMA (+25)
• 创新关键词: novel (+5), breakthrough (+8), first (+5), single-cell (+4), AI (+5) 等
• 技术方法: CRISPR (+5), CAR-T (+5), multi-omics (+5) 等

作者

• 王诗翔 (Shixiang Wang) - 中南大学
• Email: wangshx@csu.edu.cn
• GitHub: @ShixiangWang

许可证

MIT License - 详见 LICENSE 文件

⚠️ 安全注意事项

网络活动

• pubmed_search.py: 直接调用 PubMed API（ncbi.nlm.nih.gov）
• search_bioinfo.py: 调用 OpenClaw 的 web_search 工具（会发送到外部搜索提供商）
• 如需限制网络访问，请在隔离环境中运行

飞书自动发布

• generate_daily.sh 包含飞书文档创建步骤
• 需要配置飞书 API 凭证才能自动上传到飞书
• 如未配置凭证，脚本会生成文件供手动上传

.env 文件

• 只放置 NCBI 相关凭证
• 不要在同一文件放其他不相关的 secrets
• 已加入 .gitignore，不会提交到 Git

致谢

• OpenClaw 团队提供的优秀 AI Agent 框架
• NCBI 提供的 PubMed API
• 生物信息学和肿瘤学研究社区