Bedtools

[Gates369]

@Yunuuuu @ShixiangWang @SunPast please take a look

_1 版提供了一个子命令的形式，是否合适？有没有更好的办法？

[Gates369]

@Yunuuuu Please take a look
_1版提供了一个子命令的形式，是否合适？有没有更好的办法？

[Yunuuuu]

Another suggestion: it would be helpful to include some tests, as they would give me a clearer understanding of whether the command is working correctly.

[Yunuuuu]

我试了下，bedtools命令的帮助文档参数应该是"--help"

blit::appmamba("create", "--yes", "--name bedtools", "bioconda::bedtools")
exec("bedtools", "--help") |>
    cmd_condaenv("bedtools") |>
    cmd_run()

exec("bedtools", "intersect", "--help") |>
    cmd_condaenv("bedtools") |>
    cmd_run()

[Yunuuuu]

你已经创建了bedtools命令后，这个函数直接调用前面创建的函数就行

bedtools_intersect <- function(...) {
  bedtools(sucmd ="intersect", ...) # do your work
}

[Yunuuuu]

此文件所有的函数都可以改成此形式，当然，实际上由subcmd参数，实际上这些函数不要也可

[ShixiangWang]

是的，我当时上课跟他说过。只是让他提交记录下。

@Gates369 可以考虑只保留一个 clean 的简单版本，其他可以删除 commit 下。

[Yunuuuu]

一般尽量不导致大数量的改变，这样有利于review，这个文件跟此PR功能无关，需保持原状

[Gates369]

@Yunuuuu @ShixiangWang
保留了一个简化版本；去除了大部分不必要的修改；依葫芦画瓢添加了一段测试代码，但不知道是否有用，尝试运行，始终报错，不太理解


另外，注意到cmd-samtools的描述部分似乎是形容python的，不知是否是bug

[Yunuuuu]

从这个测试看，应该是这个bedtools没有在PATH里面

[ShixiangWang]

@Gates369 env_path 设置到 ~/miniconda3/bin（指定去哪里寻找）， bedtools 位于这个目录下，不需要指定到程序的全部路径上。

[Gates369]

@Yunuuuu
彭老师，辛苦您再看一下我这部分代码还有哪些需要改正的地方，以及该如何进行测试呢？

[SunPast]

基本没有问题了，麻烦老师合并一下，我这边貌似还是没有权限合并 @ShixiangWang @Yunuuuu