Foundation: Qt-free core, pytest suite, CI, and bug fixes

.gitattributes

@@ -0,0 +1,2 @@
+# patches are applied to upstream LF sources: never convert their line endings
+*.patch text eol=lf

.github/workflows/tests.yml

@@ -0,0 +1,35 @@
+name: tests
+
+on:
+  push:
+    branches: [master]
+  pull_request:
+
+jobs:
+  test:
+    runs-on: windows-latest
+    timeout-minutes: 30
+    strategy:
+      fail-fast: false
+      matrix:
+        python-version: ['3.11', '3.13']
+    env:
+      QT_QPA_PLATFORM: offscreen
+    steps:
+      - uses: actions/checkout@v4
+      - uses: actions/setup-python@v5
+        with:
+          python-version: ${{ matrix.python-version }}
+      - name: Install dependencies
+        run: pip install -r requirements.txt -r requirements-dev.txt
+      - name: Cache pinned IQ-TREE and MUSCLE
+        id: third-party
+        uses: actions/cache@v4
+        with:
+          path: bin
+          key: third-party-${{ hashFiles('packaging/third_party.json') }}
+      - name: Fetch pinned IQ-TREE and MUSCLE
+        if: steps.third-party.outputs.cache-hit != 'true'
+        run: python scripts/fetch_third_party.py --dest bin
+      - name: Tests
+        run: python -m pytest -q -rs

.gitignore

@@ -8,7 +8,9 @@ phymlgui v1.1/
 tools/
 testrun/
 ROADMAP.md
+phyml_history.json
 release_body.md
 release.json
 release_resp.json
-asset_resp.json
+asset_resp.json
+/bin/

README.md

@@ -10,20 +10,30 @@
 **phymlGUI** is a graphical interface for Windows that automates the construction of phylogenetic trees using the Maximum Likelihood method.
 
 ### 🛠 Core Capabilities
-* **Integrated Pipeline:** Automatically detects unaligned sequences and runs **MUSCLE** before passing data to **PhyML**.
+* **Two Engines:** **PhyML** (serial or MPI) and **IQ-TREE** (automatic model selection with ModelFinder, ultrafast bootstrap) — switchable in Settings.
+* **Integrated Pipeline:** Automatically detects unaligned sequences and runs **MUSCLE** before passing data to the engine.
 * **Parallel Computing (MPI):** Supports execution via `mpirun`/`mpiexec` for multi-core processing; MPI binaries are detected automatically and misconfigured bootstrap runs are blocked with an explanation.
-* **Batch Mode:** Process a whole folder of FASTA files in one run — per-file log sections, a final N/M summary and an automatic `phymlgui_summary.csv` report.
+* **Batch Mode:** Process a whole folder of FASTA files in one run — a live per-file queue with statuses, retry of failed files, an N/M summary and automatic `phymlgui_summary.csv` / `.xlsx` reports.
 * **Hardware Awareness:** Physical/logical core detection (the `np` field is pre-filled), plus a live CPU status bar showing both system load and the utilization of the analysis process tree.
-* **Run Statistics:** Model, taxa count, log-likelihood, gamma shape, Ts/Tv and run time are printed in the log after every analysis.
-* **Data Sanitization:** Automatically cleans sequence IDs and alignments from characters that cause PhyML to crash (dots, colons, brackets, spaces).
-* **Format Conversion:** Converts `FASTA` to `PHYLIP-relaxed` format, supporting long sequence names.
-* **Visualization:** Built-in viewer for Newick trees with support for branch labels and image export.
-* **Configuration Persistence:** Automatic saving and loading of all parameters and file paths via `phyml_config.json`.
+* **Tree Viewer:** Rectangular / slanted / circular layouts, support-value threshold highlighting, clade collapsing, outgroup rerooting, majority-rule consensus from bootstrap trees, Robinson–Foulds topology comparison and PNG/SVG/PDF export.
+* **Run History and Presets:** every run is recorded (double-click reloads its tree); built-in and user parameter presets.
+* **Headless CLI:** `python phymlgui.py --file data.fasta` / `--batch folder/` runs the same pipeline without the GUI. Settings come from the data folder (not from a `phyml_config.json` in the current directory); `--config preset.json` is a JSON object laid over them. Exit codes: 0 success, 1 a file failed or the run was cancelled, 2 usage or input problem.
+* **Data Sanitization / Conversion:** cleans sequence IDs, converts `FASTA` to `PHYLIP-relaxed`.
+* **Themes:** light/dark (can follow the Windows system theme) with a selectable accent color.
 
 ### ⚙️ Requirements
 * **Executables:** `phyml.exe` (or MPI version) and `muscle.exe`.
-* **Python packages:** Python 3.9+ with `PySide6`, `matplotlib`, `biopython` and `psutil` (`pip install -r requirements.txt`).
+* **Python packages:** Python 3.11+ with `PySide6`, `matplotlib`, `biopython` and `psutil` (`pip install -r requirements.txt`).
 * **MPI Environment:** For parallel mode, **Microsoft MPI** is required (install `msmpisetup.exe` from the official Microsoft GitHub).
+* **Settings and history:** stored next to the exe when that folder is writable, otherwise in `%APPDATA%\phymlGUI`. Set `PHYMLGUI_DATA_DIR` to use another folder.
+
+### 🧪 Tests
+```
+pip install -r requirements.txt -r requirements-dev.txt
+python scripts/fetch_third_party.py --dest bin   # pinned IQ-TREE and MUSCLE (SHA256-verified)
+python -m pytest
+```
+Analysis binaries are looked up in `bin/` and in the variables `PHYMLGUI_PHYML`, `PHYMLGUI_MPIEXEC`, `PHYMLGUI_IQTREE`, `PHYMLGUI_MUSCLE`, `PHYMLGUI_RAXML` (full path to the executable). Tests that need a missing binary are skipped. Markers: `needs_phyml`, `needs_mpi`, `needs_iqtree`, `needs_muscle`, `slow`; CI runs plain `python -m pytest -q -rs`; the tests whose binaries are not installed there are skipped. Tests never touch your real settings: they use an isolated data folder.
 
 ---
 
@@ -33,20 +43,30 @@
 **phymlGUI** — графический интерфейс для Windows, автоматизирующий построение филогенетических деревьев методом максимального правдоподобия.
 
 ### 🛠 Основные возможности
-* **Интегрированный пайплайн:** Автоматическое определение невыровненных последовательностей и запуск **MUSCLE** перед началом работы **PhyML**.
-* **Параллельные вычисления (MPI):** Поддержка запуска через `mpirun`/`mpiexec`; MPI-бинарники определяются автоматически, а некорректная конфигурация бутстрепа блокируется с пояснением.
-* **Пакетный режим:** Обработка целой папки FASTA-файлов за один запуск — секции лога по каждому файлу, итоговая сводка N/M и автоматический отчёт `phymlgui_summary.csv`.
-* **Аппаратная осведомлённость:** Определение физических/логических ядер (поле `np` заполняется автоматически) и живая строка состояния с загрузкой CPU — как системы, так и дерева процессов анализа.
-* **Статистика прогона:** Модель, число таксонов, лог-правдоподобие, параметр гаммы, Ts/Tv и время выводятся в лог после каждого анализа.
-* **Санитарная очистка данных:** Автоматическая замена символов в ID и последовательностях, вызывающих ошибки в PhyML (точки, двоеточия, скобки, пробелы).
-* **Конвертация форматов:** Перевод из `FASTA` в `PHYLIP-relaxed` с поддержкой длинных названий последовательностей.
-* **Визуализация:** Встроенный просмотрщик деревьев в формате Newick с отображением поддержек ветвей и возможностью сохранения графики.
-* **Сохранение состояния:** Автоматическое сохранение всех настроек и путей в файл `phyml_config.json`.
+* **Два движка:** **PhyML** (последовательно или MPI) и **IQ-TREE** (автоподбор модели ModelFinder, ультрабыстрый бутстреп) — переключение в настройках.
+* **Интегрированный пайплайн:** Автоматическое определение невыровненных последовательностей и запуск **MUSCLE** перед анализом.
+* **Параллельные вычисления (MPI):** Запуск через `mpirun`/`mpiexec`; MPI-бинарники определяются автоматически, некорректная конфигурация бутстрепа блокируется с пояснением.
+* **Пакетный режим:** Обработка папки FASTA-файлов — живая очередь со статусами, повтор неудавшихся, сводка N/M и автоматические отчёты `phymlgui_summary.csv` / `.xlsx`.
+* **Аппаратная осведомлённость:** Определение физических/логических ядер и живая строка состояния с загрузкой CPU — системы и дерева процессов анализа.
+* **Просмотрщик деревьев:** Прямоугольная/сланцевая/круговая раскладки, подсветка поддержек по порогу, сворачивание клад, рерутинг по outgroup, консенсус большинства из бутстреп-деревьев, сравнение топологий по Робинсону–Фаулдсу, экспорт PNG/SVG/PDF.
+* **История и пресеты:** каждый запуск записывается (двойной клик загружает его дерево); встроенные и пользовательские пресеты параметров.
+* **Консольный режим:** `python phymlgui.py --file data.fasta` / `--batch папка/` — тот же пайплайн без GUI. Настройки берутся из папки данных (а не из `phyml_config.json` в текущей папке); `--config preset.json` — JSON-объект, накладываемый поверх них. Коды выхода: 0 — успех, 1 — файл не обработан или запуск отменён, 2 — ошибка аргументов или входных данных.
+* **Очистка и конвертация:** санитарная очистка ID, перевод `FASTA` → `PHYLIP-relaxed`.
+* **Темы:** светлая/тёмная (могут следовать системной Windows) с выбором акцентного цвета.
 
 ### ⚙️ Требования
 * **Программные файлы:** `phyml.exe` (или MPI-версия) и `muscle.exe`.
-* **Python-зависимости:** Python 3.9+ с пакетами `PySide6`, `matplotlib`, `biopython` и `psutil` (`pip install -r requirements.txt`).
+* **Python-зависимости:** Python 3.11+ с пакетами `PySide6`, `matplotlib`, `biopython` и `psutil` (`pip install -r requirements.txt`).
 * **Среда MPI:** Для работы в параллельном режиме требуется установленный **Microsoft MPI** (инсталлятор `msmpisetup.exe` можно найти на официальном GitHub Microsoft).
+* **Настройки и история:** хранятся рядом с exe, если папка доступна для записи, иначе в `%APPDATA%\phymlGUI`. Другую папку можно задать переменной `PHYMLGUI_DATA_DIR`.
+
+### 🧪 Тесты
+```
+pip install -r requirements.txt -r requirements-dev.txt
+python scripts/fetch_third_party.py --dest bin   # закреплённые IQ-TREE и MUSCLE (проверка SHA256)
+python -m pytest
+```
+Бинарники анализа ищутся в `bin/` и в переменных `PHYMLGUI_PHYML`, `PHYMLGUI_MPIEXEC`, `PHYMLGUI_IQTREE`, `PHYMLGUI_MUSCLE`, `PHYMLGUI_RAXML` (полный путь к exe). Тесты, которым нужен отсутствующий бинарник, пропускаются. Маркеры: `needs_phyml`, `needs_mpi`, `needs_iqtree`, `needs_muscle`, `slow`; CI запускает просто `python -m pytest -q -rs`; тесты, для которых на CI нет бинарников, пропускаются. Тесты не трогают ваши настройки: они работают в изолированной папке данных.
 
 ---