Preparacion para el workshop

• Background de epigenetica useful
• Experiencia con Linux y el terminal
• Instalar Software (Docker y IGV)
• Download todo el code que se usa en este workshop o usa USB stick
• Usa USB stick para tomar references y otra data usada en el workshop

Download el repositorio para el workshop

https://github.com/dborgesr/Epigenetics_Workshop

Usando el cli

git clone https://github.com/dborgesr/Epigenetics_Workshop.git

Instalar Docker

Docker es un programa que te deja crear y usar "Imagenes". Una imagen es como una machina virtual, con su proprio sistema operativo

Install Docker

Instalar IGV

IGV es un genome viewer, nos deja ver un genoma que tenemos (Rice y Honeysuckle) con "tracks", que incluye todo tipos de "seq" data, incluyendo RNA-seq, DNA-seq, ATAC-seq, etc IGV

Instalar VSCode

Editar y leer code: VSCode Es muy bueno, simple y poderoso para una terminal y editar code

Abrir terminal

Usando WSL2 con Windows

Install WSL WSL2 Docker

Usando terminal en MACOS

Built-in Xterminal

Obtener imagen EpiStudent

En vez de download image vamos a usar una que tengo en un file

En tu terminal en el lugar de tu repositorio

cd Epigenetics_Workshop
docker load epistudent.tar

Optional construir imagen

Tambien es posible construir la imagen de Docker usando

docker-compose build epistudent

Cambiar el .env file

Cambiar el .env file con el path que coresponde a el lugar del repositorio en el disco duro

# External host variables -- EDIT HERE --
repo_dir=/mnt/d/Epigenetics_Workshop
data_dir=/mnt/d/Epigenetics_Workshop/input_data

Empezar la imagen

docker compose up -d epistudent

Empezar workshop

Ir a website en tu browser en port 8900 localhost:8902