Программа сравнения MSA. Авторы: Александра Суворова и Никита Поломошнов
Запуск - через python CompareAln.py или
chmod a+x CompareAln.py
./CompareAln.py
При запуске программы в качестве первого и второго аргументов подаётся два пути к файлам со сравниваемыми выравниваниями в формате fasta.
В текстовый файл выводится список одинаково выравненных позиций (нумерация с 1). Имя файла, в который будет записана выдача, подаётся в качестве третьего аргумента при запуске программы (значение по умолчанию - out.txt).
В stdout при использовании соответственного аргумента выводится процент одинаково выравненных колонок от обоих выравниваний и координаты блоков из идущих подряд одинаково выравненных колонок. В out.txt - координаты совпадающих колонок.
В папке tests расположены тестовые выравнивания белков SRP54 нескольких разных организмов, выполненные программами Muscle (aln_muscle.fasta) и Clustal (aln_clustal.fasta), в файле out.txt - пары (i,j) совпадающих колонок выравниваний.
В файле stdout.txt - вывод в stdout при запуске
./CompareAln.py -v aln_muscle.fasta aln_clustal.fasta out.txt