De novo skládání genomu

Úkol: Shortest Superstring problem (SSP)

Naprogramujte funkci pro řešení SSP. Můžete využít předchystaný soubor Sablona.R.

Nápověda:

1. Hlavní funkce SSP (volá funkce 2 a 3)
2. Funkce pro vytvoření matice překryvů
3. Funkce pro výpočet matice překryvů

Stažení podkladů z GitHub

Nápověda ke Git

• Nastavení editoru

git config --global core.editor notepad

• Nastavení jména a emailu

git config --global user.name "Zuzana Nova"
git config --global user.email z.nova@vut.cz

• Ověření aktuálního nastavení

git config --global --list

• Na vlastním GitHub účtu vytvořte kopii (fork) zdrojového repozitáře. Otevřete v prohlížeči adresu zdrojového repozitáře. Vpravo nahoře najdete tlačítko Fork a klikněte na něj.

• Naklonujte si repozitář ze svého GitHub účtu do složky s dnešním cvičením.

git clone <repository address>

• V lokálním repozitáři nastavte pomocí terminálu novou vzdálenou adresu (remote) na původní (vut-mpc-prg) adresu repozitáře (trojúhelníková spolupráce):

git remote add upstream https://github.com/vut-mpc-prg/cviceni_7.git

Odeslání souborů na GitHub

Vytvořte novou revizi (commit) a změny nahrajte na svůj vzdálený repozitář (push).

• Nově vytvořený soubor přidejte do revize.

git add <file_name>

• Vytvořte revizi, zadejte zprávu k revizi, uložte a zavřete.

git commit

• Vytvořenou revizi odešlete do svého repozitáře na GitHub.

git push origin master