Kaggle Vasculature 3D segmentation Competition

Get Started

Environment

vessl 사용할 경우 pytorch 22.12 image로 workspace deploy 하면 됩니다.

• python 3.8+

이제 프로젝트 폴더에 repository를 git clone합니다. 원본 repository를 clone하면 push시 충돌이 발생할 수 있으므로 Fork 후 clone할 것을 강력히 권장합니다.

git clone [URL]
cd Vasculature3D

Download dataset

vessl에서 Vasculature3D dataset을 다운로드합니다.

root 디렉토리는 용량 제한이 있으므로 top directory에 다운로드 해야합니다. 아래 명령어는 백그라운드에서 다운로드 프로세스가 돌게 해줍니다.

nohup vessl dataset download Vasculature3D / / > download.log 2>&1 &

How to run

아래 명령어를 통해 현재 GPU에 가용한 용량을 확인할 수 있습니다.

nvidia-smi

run.sh 에 실험할 조건을 작성해 실행할 수 있습니다. CUDA_VISIBLE_DEVICES 환경변수로 프로세스를 올릴 GPU를 지정합니다.

여러 GPU를 사용하면서 동시에 몇가지 실험을 돌릴 수 있습니다.

# run on gpu index 0
CUDA_VISIBLE_DEVICES=0 sh run.sh

how to kill process

kill_python script를 이용해 run 중인 python process를 확인하고 지정하여 정지할 수 있습니다.

bash kill_python.bash

Manual Method

run.sh 스크립트는 백그라운드에서 돌아가도록 설정되어 있으므로 (nohup) 실험을 멈추려면 프로세스를 직접 정지해줘야 합니다.

ps는 linux system의 running process를 display 해주는 명령어입니다. 아래는 full format으로 running process의 정보를 보여줍니다.

ps -ef

아래처럼 grep을 이용해 python이 포함된 line만 필터링 할 수도 있습니다.

ps -ef | grep 'python'

top은 running process에 대한 정보를 동적으로 보여줍니다.

top

위 방법으로 running process를 확인한 후 python으로 실행된 process의 Process ID(PID)를 지정해 kill 해줍니다. 강제종료하지 않으면 해제되지 않은 메모리가 남을 수 있으므로 강제종료(-9)해야합니다.

kill -9 [PID]