🧬 MTB Variant Analyzer

Análisis automatizado de variantes de resistencia en Mycobacterium tuberculosis

🎯 Descripción

Pipeline bioinformático modular para análisis de mutaciones de resistencia en proteínas MTB, con enfoque en pncA (NP_216559.1) y pknG (NP_214924.1).

🚀 Uso Rápido

# Análisis básico
python src/core/mtb_analyzer_core_v13_cli.py -r pncA -i data/test_sequences/samples.fasta

# Pipeline completo con HTML
python src/pipelines/mtb_pipeline_runner.py -r pncA -i data/test_sequences/samples.fasta

📁 Estructura

• src/ - Código fuente principal
  • core/ - Scripts análisis core
  • pipelines/ - Automatización completa
  • reports/ - Generación reportes HTML
• data/ - Datos entrada y resultados
  • test_sequences/ - Secuencias prueba
  • references/ - Secuencias referencia
  • results/ - Outputs análisis
• docs/ - Documentación completa
• tools/ - Utilidades y setup
• envs/ - Ambientes virtuales

📖 Documentación

Ver docs/guides/ para guías detalladas de uso.

🔬 Características

• ✅ CLI profesional con opciones completas
• ✅ Input flexible: archivos locales, códigos NCBI, mixto
• ✅ Análisis MDR/XDR automático
• ✅ Reportes HTML interactivos
• ✅ Pipeline modular y escalable