Important

Nouvelle version Windows native, sans Docker ni WSL : megam-arg-detection.com · New native Windows version, no Docker or WSL required: megam-arg-detection.com/en

Ce dépôt contient la version précédente (v3.2, pipeline Docker). · This repository contains the previous version (v3.2, Docker pipeline).

Pipeline de détection des gènes de résistance aux antimicrobiens

AMRFinderPlus · ResFinder · CARD · Prokka · SPAdes · MEGAHIT · Snippy · Abricate

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Installation sur Windows (recommandé)

1. Téléchargez l'installeur : MEGAM-ARG-Detection-Setup-3.2.3.exe

2. Double-cliquez sur le fichier téléchargé

3. Suivez l'assistant — il installe tout automatiquement :

• WSL2 (si absent) → ~3 min, redémarrage nécessaire
• Docker Desktop (si absent) → ~5 min, redémarrage nécessaire

4. Double-cliquez sur le raccourci MEGAM ARG Detection sur votre bureau

5. Au premier lancement, l'image Docker se télécharge (~10-15 min, une seule fois)

6. Votre navigateur s'ouvre sur l'interface → collez un identifiant (ex: SRR28083254) et lancez l'analyse

Les lancements suivants prennent ~30 secondes.

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Installation sur Linux / WSL

1. Installez Docker si ce n'est pas déjà fait :

curl -fsSL https://get.docker.com | sh
sudo usermod -aG docker $USER
# Déconnectez-vous puis reconnectez-vous

2. Téléchargez et lancez :

git clone https://github.com/rmerah/MEGAM.git
cd MEGAM
cp .env.example .env
docker compose -f docker/docker-compose.yml up -d

3. Ouvrez votre navigateur sur http://localhost:8080

4. Pour arrêter :

docker compose -f docker/docker-compose.yml down

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Utilisation

Type d'entrée	Exemples	Description
SRA	SRR28083254, ERR123456	Reads depuis NCBI SRA
GenBank	CP133916.1, NC_000913	Séquence assemblée
Assembly	GCA_000005845.2	Assemblage NCBI
Fichier local	Upload .fasta, .fna	Votre propre fichier

1. Collez un identifiant ou uploadez un fichier FASTA
2. Cliquez Lancer l'analyse
3. Suivez la progression en temps réel sur le dashboard
4. Consultez les résultats (gènes ARG détectés, tableaux, graphiques)

Lors de la première analyse, téléchargez les bases de données (AMRFinder, CARD...) depuis la page Bases de données de l'interface.

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Configuration (optionnel)

Modifiez le fichier .env à la racine du projet :

Variable	Défaut	Description
MEGAM_PORT	8080	Port d'accès à l'application
MEGAM_THREADS	4	Nombre de threads pour le pipeline

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Commandes utiles (Linux)

# Voir les logs en temps réel
docker compose -f docker/docker-compose.yml logs -f

# Reconstruire l'image après mise à jour
docker compose -f docker/docker-compose.yml build --no-cache

# Supprimer les données (bases, résultats, jobs)
docker compose -f docker/docker-compose.yml down -v

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Architecture

┌─────────────────────────────────────────────────┐
│              Conteneur Docker                   │
│                                                 │
│  ┌──────────┐       ┌───────────────────────┐   │
│  │  Nginx   │──────>│  Backend FastAPI       │   │
│  │  :80     │ /api/ │  (uvicorn :8000)      │   │
│  │          │       │                       │   │
│  │  sert le │       │  Lance le pipeline    │   │
│  │  frontend│       │  bash en subprocess   │   │
│  └──────────┘       └───────────┬───────────┘   │
│                                 │               │
│                     ┌───────────▼───────────┐   │
│                     │  Pipeline bash v3.2   │   │
│                     │  (mamba envs)         │   │
│                     │                       │   │
│                     │  megam_arg: FastQC,   │   │
│                     │    SPAdes, AMRFinder  │   │
│                     │  snippy_prokka:       │   │
│                     │    Prokka, Snippy     │   │
│                     │  abricate_env:        │   │
│                     │    Abricate           │   │
│                     └───────────────────────┘   │
│                                                 │
│  Volumes: databases/ outputs/ data/ jobs.db     │
└─────────────────────────────────────────────────┘

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Auteur

Rachid Merah — rachid.merah77@gmail.com

Licence

MIT