Doğuştan görme engelli bireylerde, ses dinlerken (trafik / orman / insan) görsel korteksin de aktif olup olmadığını araştıran BIDS düzeninde fMRI analizi.
Repo: senaayy/canlidevre
Bu projedeki veri, OpenNeuro üzerindeki şu veri setinden alınmıştır / ona dayanır:
| Ad | AVScenes_Blind |
| OpenNeuro | ds002715 · v1.0.0 |
| DOI | 10.18112/openneuro.ds002715.v1.0.0 |
| Lisans | CC0 |
Makale (atıf):
Vetter, P., Bola, Ł., Reich, L., Bennett, M., Muckli, L. & Amedi, A. (2020). Decoding natural sounds in early “visual” cortex of congenitally blind individuals. Current Biology.
Veriyi kullanıyorsanız OpenNeuro kaydını ve yukarıdaki makaleyi atıf olarak ekleyin.
Boş kalan görsel korteks, ses işleme için mi devreye giriyor? (“Canlı devre” / çapraz-modal plastisite)
sub-01/ses-mri/ # AVScenesshort — 4 run (events + json; BOLD yerelde)
sub-02/ses-mri/ # AVSceneslong — 4 run (events + json; BOLD yerelde)
Not: *.nii.gz dosyaları boyuttan dolayı .gitignore ile dışarıda. Analizi yerelde çalıştırmak için BOLD/T1 NIfTI dosyalarını ilgili anat/ ve func/ klasörlerine koyun (veya OpenNeuro’dan indirin).
docker compose up --buildTarayıcı: http://localhost:8888/?token=fmri
- Adım adım notebook:
canli_devre_analiz.ipynb - Tek run script:
fmri_visual_cortex_analysis.py - Çoklu denek/run:
python run_multi_analysis.py
Ana test koşul bazlıdır (traffic / forest / people → her biri vs baseline).
Tüm sesleri tek torbaya koymak (ör. people↑ + traffic↓) etkileri nötrleyebilir; pooled test yalnızca kontrol içindir.
8 run üzerinden koşul bazlı testte 6/8 run’da en az bir seste anlamlı artış; en tekrarlayan koşul çoğu zaman people (insan sesi). Bu bir ön bulgudur, kesin kanıt değildir.
Sonuçlar: derivatives/group/
Docker (önerilen) veya Python 3 + requirements.txt paketleri (nibabel, nilearn, scipy, …).
- OpenNeuro veri seti: https://openneuro.org/datasets/ds002715/versions/1.0.0
- DOI: https://doi.org/10.18112/openneuro.ds002715.v1.0.0
- Bu repo: https://github.com/senaayy/canlidevre