evicoDB

本リポジトリは、病理診断に関する文献情報・診断情報・検査所見を 正規化して管理するための MySQL データベース定義をまとめたものです。

元データは Excel 形式の表で、1行に診断・検査・文献情報が混在していましたが、 本データベースではそれを以下の3テーブルに分離しています。

• diagnoses: 診断マスタ
• findings: 検査・所見データ
• bibliography: 文献情報

Docker を用いることで、誰でも同一環境でデータベースを再現できます。

データ構造概要

diagnoses

診断そのものを表すマスタテーブルです。

• 診断名
• ICD-Oコード
• 臓器
• 原発 / 転移
• 良悪性 など、診断に固有の情報を保持します。

1つの診断に対して、複数の所見（findings）が紐づきます。

findings

各検査・所見を表すテーブルです。

Excelの1行に相当します。

• 検査方法（IHC / Genetic test など）
• 分子・マーカー名
• 検査結果
• 画像ファイル名
• 参照文献

診断（diagnoses）および文献（bibliography）への外部キーを持ちます。 出典が存在しない場合は reference_id を NULL とします。

bibliography

文献情報を管理するテーブルです。

• 論文情報（雑誌名、巻、ページ、年など）
• URL（PubMed 等）

複数の所見から同一文献を参照できる構造になっています。

テーブル定義

テーブル定義は以下の SQL ファイルに記載されています。

• mysql/init/schema.sql

Docker コンテナ初回起動時に自動で実行されます。

環境構築方法（Docker）

必要なもの

• Docker
• Docker Compose

起動方法

docker compose up -d

MySQL への接続

docker exec -it evico-mysql mysql -u evico -p

パスワードは docker-compose.yml に記載されています。

出典が存在しないデータについて

一部の所見データには、元資料に出典が存在しない場合があります。

その場合は、

• findings.reference_id を NULL
• bibliography にはレコードを作成しない

という形で管理します。