Paper2Agent 论文研究工作区

本仓库已集成 Nature 论文 Reimagining research papers as interactive and reliable AI agents（Miao et al., Nature 2026, doi:10.1038/s41586-026-11044-y）的开源实现 Paper2Agent，用于把论文变成可对话、可执行的 AI Agent。

技能已作为 Claude Code 项目技能 放在 .claude/skills/paper2agent/（上游 MIT 许可，见该目录下 LICENSE）。在本仓库中打开 Claude Code（网页版 claude.ai/code 或本地 CLI）即可直接使用 /paper2agent，无需另外安装。

Paper2Agent 能做什么

组件	输入	产出	适合场景
Paper2Skill	论文 PDF、补充材料 PDF、表格（xlsx/csv）、图片	<名称>-paper/ 技能包：SKILL.md + 按章节整理的正文/补充材料 Markdown + 图表资源	精读、问答、查图表、比较方法和结果
Paper2MCP	论文的代码仓库（Python / R / 命令行）	经过测试的 MCP 服务器（ZIP，含 USAGE.md）	在对话里直接调用论文的方法处理你自己的数据
两者组合	论文 + 代码	dist/<项目>-agent/{skill,mcp}	既要读懂论文又要复现/应用方法

目录约定

papers/   放要研究的论文 PDF、补充材料、表格
output/   生成的论文技能包与 MCP 服务器
scripts/  update_paper2agent.sh（同步上游技能）、connect_remote_mcp.sh（连接远程 MCP）

用法（在 Claude Code 中直接输入）

1. 只有论文 → 生成可问答的论文技能

把 PDF 放进 papers/（或给出论文 URL），然后：

/paper2agent 把 papers/xxx.pdf（以及补充材料 papers/xxx_supp.pdf）转换为论文技能，
输出到 output/，名称为 xxx-paper。按技能说明完成审阅与验证。

生成后可以把 output/xxx-paper/ 复制到 .claude/skills/ 下，之后直接提问，例如： “根据 xxx-paper，Figure 3 的实验设置是什么？主要结论和局限性是什么？”

2. 有代码仓库 → 生成可调用的 MCP 工具

/paper2agent Convert https://github.com/<作者>/<仓库> into tested MCP tools in output/<名称>_Agent.
Focus on "<某个教程标题或任务>".

需要 API Key 的仓库：先把密钥设为环境变量（网页版在环境设置的环境变量里配置），再补充一句 Read the API key from the environment variable <变量名>. 密钥不会写入生成的代码或 ZIP。

生成完成后：

Connect the generated MCP server to my coding-agent client using its USAGE.md.

3. 论文 + 代码一起

/paper2agent 请把这篇论文及其相关文件，连同代码仓库一起 agent 化。
论文及相关文件: papers/xxx.pdf
代码仓库: https://github.com/<作者>/<仓库>
输出目录: output/xxx

4. 研究 Paper2Agent 论文本身

技能内已附带 Paper2Agent 论文全文、补充材料和图表（.claude/skills/paper2agent/paper2agent-paper/），可以直接问：

根据 Paper2Agent 论文，它是如何验证生成的 MCP 工具可靠性的？和 Figure 2 对应的结果是什么？

5. 直接使用官方托管的论文 Agent（无需自己转换）

Agent	地址
AlphaGenome	https://Paper2Agent-alphagenome-mcp.hf.space
Scanpy	https://Paper2Agent-scanpy-mcp.hf.space
TISSUE	https://Paper2Agent-tissue-mcp.hf.space

在本地 Claude Code 中（端点路径与认证方式以托管页面说明为准）：

claude mcp add --transport http alphagenome <MCP_ENDPOINT_URL>
# 或
bash scripts/connect_remote_mcp.sh --working_dir ./analysis --mcp_name alphagenome --mcp_url <MCP_ENDPOINT_URL>

用 claude mcp list 或 /mcp 检查连接状态。

已转换的论文

论文	技能包	状态
VICReg (Bardes, Ponce, LeCun, ICLR 2022) — papers/vicreg.pdf	.claude/skills/vicreg-paper/（副本在 output/vicreg-paper/）	严格验证通过：reviewed_with_limitations；审阅与验证报告见 output/vicreg-paper-review/
VICReg 代码 — facebookresearch/vicreg @ 4e12602	MCP 工具 vicreg_compute_loss：output/vicreg_agent/dist/vicreg-mcp.zip（说明见 output/vicreg_agent/USAGE.md）	Paper2MCP 全流程完成：独立验证 36/36，项目/全新环境/解压包验收均通过

在本仓库打开 Claude Code 后可直接提问，例如：“根据 vicreg-paper，VICReg 的方差项为什么用标准差而不是方差？Table 7 中去掉协方差项的效果如何？”

运行要求

• Claude Code（需支持技能、Shell 与子 Agent 并行，Paper2MCP 依赖子 Agent）。
• Python ≥ 3.11 与 uv：Paper2Skill 的 paper_bundle.py 通过 uv run 自动安装依赖（pymupdf、pypdf、pillow 等）。
• Git；以及目标代码仓库自身需要的 R / GPU / 数据 / API 等。
• 在 Claude Code 网页版中使用时，需确保环境网络策略允许访问 PyPI、GitHub 等。容器是临时的，生成的结果请提交推送到仓库保存。

同步上游更新

bash scripts/update_paper2agent.sh

引用

@article{miao2026paper2agent,
  title={Reimagining research papers as interactive and reliable {AI} agents},
  author={Miao, Jiacheng and Davis, Joe R. and Zhang, Yaohui and Pritchard, Jonathan K. and Zou, James},
  journal={Nature},
  year={2026},
  doi={10.1038/s41586-026-11044-y}
}