[Build] simplify src layer layout

[learncold]

Summary

• 계층별 include/ 와 src/ 하위 분리를 제거하고 파일을 src/<layer>/ 바로 아래로 단순화했다.
• CMakeLists.txt, [AGENTS.md], 구조 문서를 현재 레이아웃과 include root 규칙에 맞게 동기화했다.
• 구현 이슈 범위의 ECS 구현 파일은 이 PR에 포함하지 않았다.

Related Issue

• Closes Task-Simplify src layer layout and sync build/docs #49

Area

• Engine
• Domain
• Application
• Docs
• Build
• Analysis
• Chore

Architecture Check

• I kept the dependency direction application -> domain -> engine.
• I did not add Qt UI code to src/domain.
• I did not add domain or application dependencies to src/engine.
• I used src/ as the include root.

Verification

• cmake --preset windows-debug
• cmake --build --preset build-debug
• ctest --preset test-debug
• Not run (reason below)

Risks / Follow-up

• none.